RUANG DISKUSI MK Biomolekuker
Lewat ruang diskusi ini Kita berdiskusi tentang materi Kuliah berdasarkan MK dan penugasan menurut silabus..
UJIAN Tengah Semester PBuPB
Ujian tengah semester 1. Jelaskan konsep, tujuan, ciri dan aktivitas pembangunan yang berkelanjutan 2. Bagaimana konsep dan uraian anda berkenaan dengan pemanfaatan SDA dengan prinsip pembangunan yang berkelanjutan 3. Apa saja yg menjadi syarat untuk pembangunan yang berkelanjutan, beri penjelasan rinci 4. Jelaskan pengertian, jenis, konsep, tujuan, keunggulan dan kriteria pembangunan vertikal 5. Bagaimana penjelasan anda berkenaan dengan pembangunan pend. Biologi untuk EfSD. Silahkan bekerja
Yang sudah maauk di ruang diskusi ini ... Tolong sampaikan ke teman mahasiswa yang lain... Terima kasih
BalasHapusSiap prof
HapusOhiya prof
BalasHapusTpi Laman in untuk MK apa ya prof? 🙏
Untuk Halaman ini mk biomolekuler
Hapussiap prof
BalasHapusIni adalah materi dari kelompok 4 yang akan dibahas pada pertemuan besok.
BalasHapusMata Kuliah : Biologi Molekuler
Presentasi tentang Teknik Molekuler untuk studi Gen dan aktivitas Gen
Kelompok : 4
Juliana Heldy Poli (18 507 001)
Villa Mokodongan (18 507 003)
Vivi Paparo (18 507 010)
A. Pemisahan Molekuler
Pengertian biologi molekuler pertama kali dikemukakan oleh William Astbury pada tahun 1945. Pengertian biologi molekular pada saat ini merupakan ilmu yang mempelajari fungsi dan organisasi jasad hidup (organisme) ditinjau dari struktur dan regulasi molekular unsur atau komponen penyusunnya (Yuwono, 2007). Biologi molekuler adalah cabang ilmu biologi yang berkecimpung dalam biomolekul seperti DNA, RNA, dan protein.
Perkembangan ilmu biologi molekular tidak dapat dipisahkan dengan berbagai macam disiplin ilmu-ilmu yang lain, sperti biologi sel, genetika, biokimia, kimia organik, dan biofisika. Pada dasarnya ilmu-ilmu tersebut mempelajarai satu subjek yang sama yaitu mahlik hidup, namun dengan pendekatan dan sudut pandang yang berbeda.
Mahluk hidup yang menjadi objek dalam biologi molekular meliputi dua kelompok besar yaitu: (1) organisme selular, dan (2) organisme nonselular. Organisme selular tersusun atas satuan atau unit yang disebut sel. Sel mempunyai komponen subselular dan organel yang terorganisasi dalam satu-kesastuanyang holistik. Contoh dari organisme seluler meliputi bakteri, jamur, tumbuhan, hewan, dan manusia. Sementara organisme nonselular meliputi prion, viroid, dan virus.
Metode-meode Dasar yang Digunakan dalam Biologi Molekular
Dalam mempelajari biologi molekular, pada hakikatnya akan berkaitan dengan analisis makromolekul. Analisis makromolekul tersebut dapat dilakukan denagn berdasarkan atas reaksi atau dengan mempelajari struktur fisiknya. Beberapa metode yang digunakan dalam studi biologi molekular anatara lain penggunaan radioisotop, sentrifugasi, dan elektroforesis.
1. Radioisotop
Isotop adalah elemen-elemen kimia yang mempunyaijumlah proton yang sama di dalam inti atomnya, tetapi massa atomnya (jumlah prton dan neutron) berbeda. Beberapa isotop bersifat labil dan mengalami peluruhan secara spontan yang kadang-kadang diikuti oleh oleh penyebaran radiasi elektromagnetik. Atom-atom yang memiliki sifat demikaian dinamakan sebagai radioisotop.
Penggunaan radioisotop untuk mendeteksi hasil suatu reaksi kimia terdiri dari autoradiografi dan penggunaan alat seperti Geiger-Muller counter atau scintillation counter.
2. Sentrifugasi
Sentrifugasi digunakan untuk fraksionasi sel atau pemisahan bagian-bagian sel atau organel dan juga pemisahan molekuler. Prinsip sentrifugasi berdasarkan atas fenomena bahwa partikel yang tersuspensi di dalam suatu wadah (tabung) akan mengendap ke dasar wadah karena pengaruh gravitasi. Laju pengendapan akan dipercepat dengan alat sentrifuge dengan cara diputar dengan kecepatan tinggi.
3. Elektroforesis
Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan molekular selular berdasarkan ukurannya dengan menggunakan medan listrik yamg dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan untuk menganalisis DNA, RNA, maupun protein
B. Labeling
BalasHapusDalam biologi molekuler dan bioteknologi , label fluorescent , juga dikenal sebagai label fluorescent atau probe fluoresens , adalah molekul yang dilampirkan secara kimiawi untuk membantu dalam mendeteksi biomolekul seperti protein, antibodi, atau asam amino. Umumnya, penandaan fluoresen , atau pelabelan, menggunakan turunan reaktif dari molekul fluoresen yang dikenal sebagai fluorofor . Fluorofor secara selektif berikatan dengan daerah tertentu atau kelompok fungsional pada molekul target dan dapat dilekatkan secara kimia atau biologis. Berbagai teknik pelabelan seperti pelabelan enzimatik, pelabelan protein , dan pelabelan genetik banyak digunakan. Etidium bromida , fluorescein , dan protein fluoresen hijau adalah label umum. Molekul yang paling sering diberi label adalah antibodi, protein, asam amino dan peptida yang kemudian digunakan sebagai probe spesifik untuk mendeteksi target tertentu.
Dari berbagai metode pelabelan biomolekul, label fluoresen menguntungkan karena sangat sensitif bahkan pada konsentrasi rendah dan tidak merusak pada pelipat molekul dan fungsi target.
Green fluorescent protein adalah protein fluorescent yang terjadi secara alami dari ubur-ubur Aequorea victoria yang banyak digunakan untuk menandai protein yang diminati. GFP memancarkan foton di wilayah hijau spektrum cahaya ketika bersemangat dengan penyerapan cahaya. Kromofor terdiri dari tripeptida teroksidasi -Ser ^ 65-Tyr ^ 66-Gly ^ 67 yang terletak di dalam β barrel. GFP mengkatalisasi oksidasi dan hanya membutuhkan oksigen molekuler. GFP telah dimodifikasi dengan mengubah panjang gelombang cahaya yang diserap untuk memasukkan warna fluoresensi lainnya. YFP atau protein fluoresen kuning , BFP atau protein fluoresen biru , dan CFP atau protein sian fluoresen adalah contoh varian GFP. Varian ini diproduksi oleh rekayasa genetika gen GFP.
Probe fluoresen sintetik juga dapat digunakan sebagai label fluoresens. Keuntungan dari label ini termasuk ukuran yang lebih kecil dengan variasi warna yang lebih banyak. Mereka dapat digunakan untuk menandai protein yang diminati secara lebih selektif dengan berbagai metode termasuk pelabelan berbasis pengakuan kimia, seperti menggunakan tag peptida pengkhelat logam, dan pelabelan berbasis pengakuan biologis yang memanfaatkan reaksi enzimatik. Namun, meskipun memiliki panjang gelombang eksitasi dan emisi yang luas serta stabilitas yang lebih baik, probe sintetik cenderung bersifat toksik bagi sel sehingga tidak umum digunakan dalam studi pencitraan sel.
Label-label fluorescent dapat digabungkan ke mRNA untuk membantu memvisualisasikan interaksi dan aktivitas, seperti lokalisasi mRNA. Untai antisense berlabel dengan probe fluoresen melekat pada untai mRNA tunggal, dan kemudian dapat dilihat selama pengembangan sel untuk melihat pergerakan mRNA di dalam sel.
Label fluorogenik
Fluorogen adalah suatu ligan (ligan fluorogenik) yang tidak dengan sendirinya berfluoresensi, tetapi ketika diikat oleh protein tertentu atau struktur RNA menjadi berpendar.
Sebagai contoh, FAST adalah varian dari protein kuning fotoaktif yang direkayasa untuk mengikat tiruan kimia dari GFP tripeptide chromophore.
C. Hibridisasi Asam Nukleat
BalasHapusTeknik hibridisasi meliputi dua proses, yaitu proses denaturasi atau pemisahan dua rantai asam nukleat yang komplementer dari proses renaturasi atau perpaduan kembali dua rantai asam nukleat. Proses denaturasi biasanya dilakukan dengan cara pemanasan DNA untuk memecah ikatan hidrogen yang terdapat di antara pasangan basa sehingga rantai asam nukleat akan terpisah. Proses ini kemudian diikuti dengan proses renaturasi dengan cara pendinginan.
Pengujian sel bakteri pembawa rekombinan, gen-gen target, level mRNA, hasil pemotongan ER (RFLP) dan uji lainnya yang menggunakan teknik hibridisasi, membutuhkan proses denaturasi dan fragmen asam nukleat yang tidak diketahui dan memfiksasi fragmen tersebut pada bahan solid seperti filter nitroselulosa. Untuk pengujian dengan hibridisasi diperlukan suatu probe asam nukleat yang komplementer dicampurkan dengan fragmen asam nukleat yang terdapat pada bahan solid tersebut pada kondisi yang mendukung terjadinya hibridisasi. Proses hibridisasi dapat juga dilakukan dalam larutan (bukan bahan solid). Baik DNA yang hendak didiagnosis (target) maupun probe dimasukkan dalam larutan buffer. Kedua DNA tersebut bebas bergerak dan proses hibridisasinya berlangsung 5-10 kali lebih cepat daripada di bahan solid. Keadaan tersebut sangat penting dalam aplikasi kebanyakan diagnostik mikrobiologi yang memiliki konsentrasi DNA target sangat sedikit dan membutuhkan waktu diagnosis lebih cepat. Probe dapat juga dibuat dari oligonukleotida (biasanya terdiri dari 30-40 nukleotida) yang dibuat secara sintetik. Oligonukleotida tersebut dapat berupa fragmen DNA rantai tunggal atau fragmen RNA yang dilabel.
Proses hibridisasi dan visualisasi diawali dengan transfer DNA dari gel agarose ke nilon berpori atau membrane nitroselulosa. Transfer DNA disebut ‘Southern blotting’, mengacu kepada nama penemu teknik tersebut yaitu E.M. Southern (1975). Pada metode ini mula-mula gel didenaturasi dengan larutan dasar dan diletakkan pada suatu nampan. Selanjutnya di atas gel hasil elektroforesis diletakkan nilon berpori atau membrane nitroselulosa, kemudian di atasnya diberi pemberat. Semua fragment hasil pemotongan dengan enzim restriksi yang pada awalnya berada pada gel akan ditransfer secara kapiler ke membrane tersebut dalam bentuk untai tunggal. Pola fragmen akan sama dengan yang berada pada gel.
Untuk identifikasi bakteri atau sel inang yang membawa plasmid rekombinan juga dilakukan hibridisasi dengan menggunakan membran nitrosellulosa yang meiliki ukuran dan bentuk sesuai dengan petridish yang digunakan. Membran ditempel ke medium LB yang telah ditumbuhi koloni bakteri, kemudian membrane diambil dan petri berisi koloni bakteri diinkubasi lagi untuk ditumbuhkan kembali. Kemudian membran diinkubasi bersama probe DNA Bila antara probe dan DNA target merupakan komplemen maka akan terjadi hibridisasi. Bila probe yang digunakan dilabeli maka selanjutnya dupleks yang terjadi dapat dideteksi.
Bila kondisi hibridisasi yang digunakan mempunyai stringency yang tinggi (highly stringent), maka tidak akan terjadi hibridisasi dengan DNA yang mempunyai kekerabatan yang jauh atau non homolog. Jadi probe DNA akan mengenali hanya sekuen yang komplemen dan secara ideal homolog diantara beribu-ribu atau bahkan berjuta-juta fragmen yang bermigrasi sepanjang gel. Fragmen yang diinginkan dapat dideteksi setelah dilakukan pemaparan membran yang telah mengalami hibridisasi pada film. Ada berbagai cara untuk memperoleh dari melabel probe asam nukleat. Sebuah gen dan agen penyakit yang akan dideteksi harus dimurnikan terlebih dahulu, kemudian dilabel apakah dengan radioisotop seperti 32P atau dengan substansi non-radioisotop. Walaupun substansi non-radioisotop dan dapat disimpan dalam waktu yang lebih lama. Sensitifitas uji diagnostik menggunakan probe yang dilabel dengan non-radioisotop dapat ditingkatkan dengan penggunaan PCR. Substansi non-radioisotop yang paling sering digunakan sebagai label adalah biotin dan digoxigenin.
D. Pemetaan
BalasHapusPemetaan fisik adalah teknik yang digunakan dalam biologi molekuler untuk menemukan urutan dan jarak fisik antara pasangan basa DNA dengan penanda DNA . Ini adalah salah satu teknik pemetaan gen yang dapat menentukan urutan pasangan basa DNA dengan akurasi tinggi. Pemetaan genetika , pendekatan lain pemetaan gen, dapat memberikan penanda yang dibutuhkan untuk pemetaan fisik. Namun, karena yang pertama menyimpulkan posisi gen relatif dengan frekuensi rekombinasi , itu kurang akurat daripada yang terakhir.
Pemetaan fisik menggunakan fragmen DNA dan penanda DNA untuk mengumpulkan potongan DNA yang lebih besar. Dengan daerah yang tumpang tindih dari fragmen, peneliti dapat menyimpulkan posisi basis DNA. Ada berbagai teknik untuk memvisualisasikan lokasi gen, termasuk hibridisasi sel somatik , hibridisasi radiasi , dan hibridisasi in situ .
Berbagai pendekatan pemetaan fisik tersedia untuk menganalisis berbagai ukuran genom dan mencapai tingkat akurasi yang berbeda. Pemetaan resolusi rendah dan tinggi adalah dua kelas untuk berbagai resolusi genom, khususnya untuk penyelidikan kromosom . Tiga varietas dasar pemetaan fisik adalah fluorescent in situ hybridization (FISH), pemetaan situs restriksi, dan pengurutan oleh klon.
Tujuan pemetaan fisik, sebagai mekanisme umum di bawah analisis genom, adalah untuk memperoleh urutan genom lengkap untuk menyimpulkan hubungan antara urutan DNA target dan sifat fenotipik . [6] Jika posisi aktual gen yang mengendalikan fenotipe tertentu diketahui, dimungkinkan untuk menyelesaikan penyakit genetik dengan memberikan nasihat tentang pencegahan dan pengembangan perawatan baru.
Pemetaan fisik resolusi tinggi dapat menyelesaikan ratusan kilobase menjadi satu nukleotida tunggal DNA. Teknik utama untuk memetakan daerah DNA besar tersebut adalah pemetaan IKAN resolusi tinggi, yang dapat dicapai dengan hibridisasi probe ke kromosom antarfase yang diperluas atau kromatin yang diperluas secara artifisial. Karena struktur hierarkis mereka kurang terkondensasi dibandingkan dengan kromosom prometafase dan metafase , target hibridisasi in-situ standar, resolusi tinggi pemetaan fisik dapat dihasilkan. Pemetaan FISH menggunakan interphase chromosome adalah metode in situ konvensional untuk memetakan urutan DNA dari 50 hingga 500 kilobase, yang sebagian besar merupakan klon DNA sintenik . Namun, kromosom yang diperluas secara alami mungkin dilipat kembali dan menghasilkan pesanan peta fisik alternatif. Akibatnya, analisis statistik diperlukan untuk menghasilkan urutan peta kromosom interphase yang akurat. Jika kromatin yang diregangkan secara artifisial digunakan, resolusi pemetaan bisa lebih dari 700 kilobase. Untuk menghasilkan kromosom yang diperluas pada slide, hibridisasi visual langsung (DIRVISH) sering dilakukan, bahwa sel dilisiskan dengan deterjen agar DNA yang dilepaskan ke dalam larutan mengalir ke ujung slide yang lain. Contoh pemetaan FISH resolusi tinggi menggunakan stretched chromatin adalah extended chromatin fiber (ECF) FISH. Metode ini menyarankan urutan daerah yang diinginkan pada urutan DNA dengan menganalisis tumpang tindih parsial dan kesenjangan antara kromosom ragi buatan (YAC). [4] Akhirnya, urutan linear dari wilayah DNA yang tertarik dapat ditentukan. Satu lagi yang perlu diperhatikan adalah bahwa jika kromosom metafase digunakan dalam pemetaan FISH, resolusi yang dihasilkan akan sangat buruk, yang harus diklasifikasikan ke pemetaan resolusi rendah daripada pemetaan resolusi tinggi
2.fisik resolusi rendah biasanya mampu menyelesaikan DNA mulai dari satu pasangan basa hingga beberapa basis mega. Dalam kategori ini, sebagian besar metode pemetaan melibatkan pembuatan panel hibrida sel somatik , yang mampu memetakan sekuens DNA manusia, gen yang diinginkan [ klarifikasi diperlukan ] , ke kromosom sel hewan tertentu, seperti yang ada pada tikus dan hamster. [4] Panel sel hibrida diproduksi dengan mengumpulkan garis sel hibrida yang mengandung kromosom manusia, yang diidentifikasi dengan penyaringan reaksi rantai polimerase (PCR) dengan primer khusus untuk urutan kepentingan manusia sebagai probe hibridisasi . Kromosom manusia akan disajikan [ klarifikasi diperlukan ] di semua garis sel.Ada berbagai pendekatan untuk menghasilkan pemetaan fisik resolusi rendah, termasuk transfer gen yang dimediasi kromosom dan transfer gen fusi iradiasi yang menghasilkan panel sel hibrida. Pemindahan gen yang dimediasi kromosom adalah suatu proses yang mengepresipitasikan fragmen kromosom manusia dengan kalsium fosfat ke dalam garis sel, yang mengarah pada transformasi kromosom penerima yang mempertahankan kromosom manusia mulai dari ukuran 1 hingga 50 pasangan basa mega. [4] Transfer gen fusi iradiasi menghasilkan hibrida radiasi yang mengandung urutan kepentingan manusia dan sekumpulan fragmen kromosom manusia lainnya. Penanda dari fragmen kromosom manusia dalam hibrida radiasi memberikan pola reaktivitas silang, yang selanjutnya dianalisis untuk menghasilkan peta hibrida radiasi dengan memesan penanda dan breakpoint. [5] Ini memberikan bukti apakah penanda tersebut berada pada fragmen kromosom manusia yang sama, dan karenanya urutan urutan gen.
BalasHapusE. Uji Interaksi DNA Protein
BalasHapusProtein struktural yang mengikat DNA adalah contoh interaksi DNA-protein yang tidak spesifik. Di dalam kromosom, DNA disimpan dalam kompleks dengan protein struktural. Protein ini mengatur DNA menjadi struktur kompak yang disebut kromatin . Pada eukariota , struktur ini melibatkan pengikatan DNA ke kompleks protein basa kecil yang disebut histones . Pada prokariota , banyak jenis protein terlibat. [8] [9] Histon membentuk kompleks berbentuk cakram yang disebut nukleosom , yang berisi dua putaran DNA untai ganda yang melilit permukaannya. Interaksi non-spesifik ini terbentuk melalui residu basa dalam histones yang membuat ikatan ionik dengan tulang asam-fosfat gula asam dari DNA, dan oleh karenanya sebagian besar tidak tergantung pada urutan basa. [10] Modifikasi kimiawi residu asam amino dasar ini meliputi metilasi , fosforilasi , dan asetilasi . [11] Perubahan kimia ini mengubah kekuatan interaksi antara DNA dan histones, membuat DNA lebih atau kurang dapat diakses oleh faktor transkripsi dan mengubah laju transkripsi. [12] Protein pengikat DNA non-spesifik lainnya dalam kromatin termasuk protein kelompok mobilitas tinggi (HMG), yang berikatan dengan DNA bengkok atau terdistorsi. [13] Studi biofisik menunjukkan bahwa protein HMG arsitektural ini mengikat, membengkokkan dan memutar DNA untuk melakukan fungsi biologisnya. [14] [15] Protein ini penting dalam menekuk array nukleosom dan mengaturnya menjadi struktur yang lebih besar yang membentuk kromosom.
F. Knockout
Gen knockout (singkatan: KO ) adalah teknik genetik di mana salah satu gen organisme dibuat tidak beroperasi ("tersingkir" dari organisme). Namun, KO juga dapat merujuk pada gen yang tersingkir atau organisme yang melakukan KO gen. Organisme knock - out atau hanya KO digunakan untuk mempelajari fungsi gen, biasanya dengan menyelidiki efek hilangnya gen. Para peneliti menarik kesimpulan dari perbedaan antara organisme sistem gugur dan individu normal.
Untuk pembahasan materi ini serta sesi tanya jawab, akan dibuka besok hari pada jam mata kuliah Biologi Molekuler jam 08.00. Mohon kerjasama dari teman-teman dari yang akan menyampaikan pendapat, memberi pertanyaan maupun membantu kelompok dalam penyelesaian tugas ini🙏 dari kelompok 4
BalasHapusJuliana Poli (18 507 001)
Villa Mokodongan ( 18 507 003)
Vivi paparo (18 507 010)
👍👍
HapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
HapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
HapusKenapa di hapus?
HapusMohon maaf prof, tadi ada kesalahan penulisan.
Hapusmohon maaf ada kesalahan penulisan prof🙏🙏
HapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusKenapa di hapus?
HapusSyalom, selamat pagi Teman-teman untuk materi hari ini, kelompok 4 Juliana Poli, villa mokodangan,dan vivi paparo. Akan membuka sesi tanya jawab🙏 mohon kerjasama yang baik yah teman²😀
BalasHapusBagi yang mau bertanya di persilahkan
HapusNama : Suiling Pontoh
HapusNIM : 18507046
Pertanyaan :
Dalam makalah kelompok membahas tentang Uji Interaksi DNA Protein. Tolong kelompok jelaskan dan berikan contoh.
Terima Kasih.
Nama : Yestika Lolowang
HapusNim : 18507016
pertanyaan : Coba klmpk jelaskan cara kerja dari elektroforesis.
Nama : Putri Pangemanan
HapusNIM : 18507029
Pertanyaan :
Mengapa harus di labeling?
Nama : Nathasya Kumayas
HapusNim : 18507027
Pertanyaan :
Ada berbagai teknik untuk memvisualisasikan lokasi gen, termasuk hibridisasi sel somatik , hibridisasi radiasi , dan hibridisasi in situ .jelaskan tentang hibridisasi sel somatik , hibridisasi radiasi , dan hibridisasi in situ.
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
HapusEZRA SHEREND ONDANG
HapusNIM : 18507030
Pertanyaan :
Dalam pembahasan kelompok pada bagian pementaan, Tiga varietas dasar pemetaan fisik adalah fluorescent in situ hybridization (FISH), pemetaan situs restriksi, dan pengurutan oleh klon.
Jelaskan Pemetaan yang paling spesifik di gunakan dan yang cocok untuk Perkembangan saat ini?
Nama : Sella Agansi
HapusNim : 18 507 002
Pertanyaan:
Dimakalah kelompok sudah membahas metode-metode yang digunakan dalam studi biologi molekuler. Yang menjadi pertanyaan saya apa saja yang menjadi kelebihan dan kekurangan pada metode tersebut.
Terima kasih
Nama : Eep Mokoginta
HapusNIM : 18507007
Pertanyaan:
Apa perbedaan gene knockdown dan knockout gen ?
Nama : Dewanti Putri K. Gobel
HapusNim : 18507038
Pertanyaan : Coba kelompok jelaskan 2 jenis hibridisasi
Nama: Wanda Maria Sasue
HapusNim 18507018
Apa yang terjadi ketika metode elektroforesis mengalami kegagalan??
Nama : Marjanoal Mandey
HapusNim : 18507008
Pertanyaan : teknik pelabelan adalah teknik untuk membantu dalam mendeteksi biomolekul seperti protein dan antibodi. Yang menjadi pertanyaan Saya.. " Jenis pelabelan manakah yg bersifat umum/baik, Dan pelabelan manakah yg bersifat tidak umum?."
Nama : Natasya Michelle Kapughu
HapusNIM : 18507012
Pertanyaan : Jelaskan faktor-faktor yang mempengaruhi proses Elektroforesis ?
Nama : ni ketut riskayani
HapusNim : 18507031
Pertanyaan:
Apakah proses metabolisme mempengaruhi bentuk dan aktivitas gen ?
Nama : Librina Palaapi
HapusNIM : 18507004
Coba kelompok jelaskan prosedur untuk pemetaan kromosom pada hewan
Nama : Syane Katiandagho
HapusNim : 18507021
Pertanyaan : toloong kelompok simpulkan bagaimana hubungan antara urutan DNA target dan sifat fenotipik
Nama : Claudya Lucas
HapusNim : 18507037
Pertanyaan
Dalam makalah disinggung mengenai varietas dasar pemetaan fisik salah satunya fluorescent in situ hybridization (FISH) , apa manfaat dari FISH tersebut ?
Kamis 19 maret 2020
BalasHapusNama: Wanda Maria Sasue
Nim : 18507018
Pendidikan Biologi kelas A
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusKenapa di hapus
Hapusmohon maaf mner ada kesalahan penulisan 🙏
HapusAbsen MK BIOMOLEKULER, Kamis 19 Maret 2020 :
BalasHapusKamis, 19 maret 2020
HapusNama : Marliani Tentero
NIM : 18 507 020
Pendidikan Biologi Kelas A
Nama : Mohammad Farhan Umar
HapusNIM : 18 507 042
Kamis,19 Maret 2020
HapusNama : Nathasya Kumayas
Nim : 18507027
Kelas : Pendidikan Biologi A
Kamis, 19 Maret 2020
HapusNama: Claudya Lucas
NIM : 18507037
Kelas : Pendidikan Biologi A
Kamis, 19 Maret 2020
HapusNama : Suiling Pontoh
NIM : 18507046
Pendidikan Biologi Kelas A
Kamis 19 Maret 2020
HapusNama : Yestika Lolowang
Nim : 18507016
kls : pendidikan Biologi A
Kamis, 19 Maret 2020
HapusNama : Sella Agansi
Nim : 18 507 002
Pendidikan Biologi Kelas A
Kamis,19 Maret 2020
HapusNama : Putri Pangemanan
NIM : 18507029
Kelas : Pendidikan Biologi A
Kamis, 19 Maret 2020
HapusNama : Eep Mokoginta
NIM : 18507007
Pendidikan Biologi A
Kamis 19 Maret 2020
HapusNama : Marjanoal Mandey
Nim : 18507008
Kelas : Pendidikan biologi A
Kamis 19 maret 2020
HapusEzra Sherend Ondang
(18 507 030)
Kelas A pendidikan Biologi semester 4
Kamis,19 maret 2020
HapusNama : Jelika cahyani kampong
Nim : 18507024
Kelas : pendidikan biologi A
Kamis,19 maret 2020
HapusNama : Natasya Michelle Kapughu
Nim : 18507012
Kelas : pendidikan biologi A
Nama: Wanda Maria Sasue
HapusNim: 18507018
Kelas: Pendidikan Biologi A
Sem: 4
HapusJuliana Heldy Poli
(18 507 001)
A. Pendidikan Biologi
Nama: Villa Mokodongan
HapusNim: 18507003
Kelas: Pendidikan Biologi A
Sem: 4
Kamis 19 Maret 2020
HapusNama : Vivi Paparo
Nim : 18507010
Kelas : Pendidikan biologi A
Kamis, 19 maret 2020
HapusNama : Librina Palaapi
NIM : 18 507 004
Pendidikan Biologi Kelas A
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
HapusNama : Paramitha Penanta
HapusNIM : 18507026
kelas : Pendidikan Biologi A
Semester : 4
Kamis, 19 Maret 2020
Nama : ni ketut riskayani
HapusNIM : 18507031
kelas : Pendidikan Biologi A
Semester : 4
Kamis, 19 Maret 2020
Kamis, 19 Maret 2020
HapusNama : Fidela Tandek
NIM : 18507014
Kelas : Pendidikan Biologi A
Semester 4
Kamis, 19 Maret 2020
HapusNama : Dewanti P.K Gobel
Nim : 18507038
Kelas : pendidikan biologi A
Semester 4
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
HapusKamis, 19 Maret 2020
HapusNama : Anastasia Sasamu
NIM : 18507034
Kelas : Pendidikan biologi A
Semester 4
Kamis, 19 maret 2020
HapusNama : Debora Papendang
Nim : 18 507 110
Kelas : Pendidikan Biologi A
Semester : IV
Kamis, 19 maret 2020
HapusNama : Syane Katiandagho
Nim : 18507021
Kelas : pendidikan biologi A
Semester : 4
Kamis ,19 maret 2020
HapusNama:Stephanie claudy manurung
Nim : 18507009
Kelas : pendidikan bioligi A
Semester: 4
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusKelompok akan menjawab pertanyaan dari
BalasHapusNama : Yestika Lolowang
Nim : 18507016
pertanyaan : Coba klmpk jelaskan cara kerja dari elektroforesis.
Jawaban :
Cara kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-molekul tersebut akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya (Magdeldin, 2012). Molekul-molekul yang bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju kutub positif (anoda), sedangkan molekul-molekul yang bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda) (Klug and Cummings, 1994).
Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai ukuran, konfirmasi dan muatan dari protein dan asam nukleat. Elektroforesis dalam skala besar memungkinkan untuk digunakan sebagai metode pemisahan yang dapat digunakan untuk menentukan komponen dari protein atau asam nukleat setiap individu (Fairbanks & Andersen, 1999).
Elektroforesis gel memisahkan makromolekul berdasaran laju perpindahannya melewati suatu gel di bawah pengaruh medan listrik. Elektroforesis gel memisahkan suatu campuran molekul DNA menjadi pita-pita yang masing-masing terdiri atas molekul DNA dengan panjang yang sama (Campbell dkk, 2002).
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
HapusKelompok akan menjawab pertanyaan dari
HapusNama : Suiling Pontoh
NIM : 18507046
Pertanyaan :
Dalam makalah kelompok membahas tentang Uji Interaksi DNA Protein. Tolong kelompok jelaskan dan berikan contoh
Jawaban :
Protein pengikat DNA meliputi faktor transkripsi yang memodulasi proses transkripsi, berbagai polimerase , nuklease yang membelah molekul DNA, dan histones yang terlibat dalam pengemasan kromosom dan transkripsi dalam inti sel . Protein pengikat DNA dapat menggabungkan domain seperti jari seng , helix-turn-helix , dan ritsleting leusin (di antara banyak lainnya) yang memfasilitasi pengikatan dengan asam nukleat. Ada juga
Contoh yang lebih tidak biasa seperti aktivator transkripsi seperti efektor .
Efektor TAL ( seperti aktivator transkripsi ) (sering disebut TALEs , tetapi jangan dikelirukan dengan efektor protein golongan protein kelas homeobox) adalah protein yang dikeluarkan oleh bakteri Xanthomonas melalui sistem sekresi tipe III ketika mereka menginfeksi berbagai spesies tanaman . Protein ini dapat mengikat urutan promotor di tanaman inang dan mengaktifkan ekspresi gen tanaman yang membantu infeksi bakteri. Mereka mengenali sekuens DNA tanaman melalui domain ulangan pusat yang terdiri dari sejumlah variabel ~ 34 pengulangan asam amino. Tampaknya ada korespondensi satu-ke-satu antara identitas dua asam amino kritis dalam setiap ulangan dan setiap basis DNA dalam urutan target. Protein ini menarik bagi para peneliti karena perannya dalam penyakit spesies tanaman penting dan relatif mudahnya penargetan ulang mereka untuk mengikat sekuens DNA baru. Protein serupa dapat ditemukan dalam bakteri patogen Ralstonia solanacearum dan Burkholderia rhizoxinica , serta mikroorganisme laut yang belum teridentifikasi. Istilah suka TALE digunakan untuk merujuk pada keluarga protein yang diduga meliputi TALE dan protein terkait ini.
Kel akan menjawab pertanyaan dari sella agansi
HapusKelemahan dan kekurangan dalam biomolekuler
kelebihan-kelebihan, diantaranya :
1. metode ilmiah lebih bisa dipertanggung jawabkan, dikarenakan adanya bukti-bukti yang konkret dan ada ukuran yang jelas
2. jelas, dapat di buktikan dan dapat diamati langsung oleh alat indra pada manusia
3. dapat dijadikan satuan atau tolok ukur untuk penelitian-penelitian selanjutnya, bila tidak terdapat kesalahan
4. mengajarrkan pada manusia untuk menatap realita dan segala sesuatu yang ada
5. operasional, dapat di gunakan dan di amalkan dalam kehidupan keseharian
6. logis, karena dapat di buktikan oleh semua orang walaupun telah melewati tahap-tahap.
kelemahan, antara lain :
1 metode ilmiah tidak mungkin bisa menjangkau objek yang bersifat inmateri (gaib), dikarenakan tidak adanya wujud, ukuran dan timbangan yang jelas.
2. terlalu bergantung pada objek yang ada
3. metode ilmiah akan berubah bila objek yang di amati telah berubah. Sebagai contoh ilmuan mengatakan bahwa suhu diatas puncak merapi adalah 35 derajat c, namun apa yang di kemukakan oleh ilmuan akan berubah seiring berubahnya cuaca dan suhu
4. kurang valid, karena tidak semua hasil dari metode atau penelitian di suatu daerah akan bisa di terapkan untuk daerah lain.
5. membutuhkan waktu yang lama, karena penelitian dilakukan secara berulang.
6. membutuhkan biaya yang sangat mahal, karena setiap penelitian memerlukan alat bantu berupa peralatan yang menggunakan tehnologi canggih.
7. dapat terhapus atau tidak di pakai bila terbukti ditemukan kesalahan dan bila muncul teori lain yang dianggap lebih berguna
8. cenderung kaku dan tidak terpengaruh oleh rasio Dari uraian di atas dapat kita simpulkan bahwa setiap teori selalu memiliki sisi positive dan negatif. Metode ilmiah atau proses ilmiah merupakan proses keilmuan untuk memperoleh pengetahuan secara sistematis berdasarkan bukti fisis. Hasil eksperimen tidak pernah dapat membenarkan suatu hipotesis, melainkan meningkatkan probabilitas kebenaran hipotesis tersebut. Hasil eksperimen secara mutlak bisa menyalahkan suatu hipotesis bila hasil eksperimen tersebut bertentangan dengan prediksi dari hipotesis
Kelompok akan menjawab pertanyaan dari
HapusNama : Putri Pangemanan
NIM : 18507029
Pertanyaan :
Mengapa harus di labeling?
Jawaban:
Tujuan pemberian simbol atau labeling adalah untuk menjamin penanganan dan penggunaan yang aman terhadap bahan kimia yang berbahaya, sehingga memungkinkan pengguna untuk menghindari cedera dan bahaya yang berkaitan dengan paparan terhadap bahan kimia
Tujuan Lainnya yaitu:
1.Memberi informasi tentang isi produk yang diberi label tanpa harus membuka kemasan.
2. Berfungsi sebagai sarana komunikasi produsen kepada konsumen tentang hal-hal yang perlu diketahui oleh konsumen tentang produk tersebut, terutama hal-hal yang kasat mata atau tak diketahui secara fisik.
3. Memberi petunjuk yang tepat pada konsumen hingga diperoleh fungsi produk yang optimum.
Sarana periklanan bagi produsen.
4. Memberi rasa aman bagi konsumen.
Kelompok akan menjawab pertanyaan dari Wanda maria sasue
HapusApa yang terjadi ketika metode elektroforesis mengalami kegagalan?
Jawabannya
Jika metode eltroforesis gagal
Maka untuk menganalisis DNA RNA dan protein menggunakan metode ini tidak akan berhasil
Kelompok akan menjawab pertnyaan dari noal
Hapusteknik pelabelan adalah teknik untuk membantu dalam mendeteksi biomolekul seperti protein dan antibodi. Yang menjadi pertanyaan Saya.. " Jenis pelabelan manakah yg bersifat umum/baik, Dan pelabelan manakah yg bersifat tidak umum?."
Jawaban
Yang lebih baik yaitu probe sintetik yang cenderung bersifat toksik bagi sel sehingga tidak umum digunkan dalam studi pencitraan sel
Kelompok akan menjawab pertanyaan dari eep
HapusPerbedaan utama antara knockout gen dan knockdown adalah bahwa knockout gen melibatkan penghapusan gen target sepenuhnya, atau menonaktifkannya melalui mutasi yang tidak masuk akal sedangkan knockdown gen mengarah pada penerjemahan protein yang gagal dan degradasi mRNA itu . Lebih lanjut, knockout gen berlaku pada level DNA sementara knockdown gen berlaku pada level RNA.
Knockout gen mengacu pada perubahan permanen pada DNA yang menyebabkan hilangnya fungsi gen, yang disebabkan oleh manipulasi DNA organisme, sedangkan knockdown gen merujuk pada penurunan sementara dalam ekspresi gen yang disebabkan oleh teknik eksperimental, seringkali oligo antisense. Jadi, ini adalah perbedaan mendasar antara knockout gen dan knockdown.
Kelompok akan menjawab pertanyaan dari Claudya.L: Dalam makalah disinggung mengenai varietas dasar pemetaan fisik salah satunya fluorescent in situ hybridization (FISH) , apa manfaat dari FISH tersebut ?
HapusJawaban F:
dapat digunakan untuk mendeteksi seluruh
kelainan yang terjadi karena kelainan genetik
terkecuali pada kasus Loss Of Heterozygosity
(paternal dan maternal) yang membutuhkan teknik
deteksi jangkauan yang cukup luas (Bishop,
2010). Namun, FISH masih memiliki
kelemahanya itu hanya dapat mendeteksi kelainan
genetik yang dikenal dan sesuai dengan probe
yang tersedia atau dengan kata lain probe untuk
kelainan genetik yang telah diketahui sebelumnya
harus hibridisasi dengan spesimen yang menjadi
target sehingga teknik FISH dapat menunjukkan
kelainan genetik tertentu saja (Bishop, 2010). Dan
FISH juga tidak dapat digunakan sebagai
screening test untuk chromosomal rearrangement
karena FISH hanya mampu mendeteksi imbalansi
yang sudah dikenal sebelumnya (Bishop, 2010).
Namun demikian FISH sangat membantu
menyelesaikan kasus retardasi mental dan
sindrom malformatif yang semakin meningkat,
sehingga konseling kepada keluarga yang terkena
menjadi tepat sasaran (Angelovska, et al., 2007).
Kelompok akan menjawab pertanyaan dari
HapusNama : Natasya Kapughu
Nim : 18507012
Pertanyaan:
Jelaskan Faktor yang Mempengaruhi proses Elektroforesis?
Jawaban :
Elektroforesis memisahkan makromolekul berdasarkan laju perpindahannya melewati suatu gel dibawah pengaruh medan listrik. Elektroforesis gel akan memisahkan suatu campuran molekul DNA menjadi pita-pita yang masing-masing terdiri atas molekul DNA dengan panjang yang sama.
Gel yang digunakan dalam elektroforesis ada 3 macam:
1. Gel poliakrilamida denaturasi, berfungsi dalam penanda oligonukleotida dan menganalisis pemanjangan primer.
2. Gel alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang berukuran besar.
3. Gel agarosa formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan sistem elektroforesis RNA pada ukuran standar.
Beberapa faktor mempengaruhi kecepatan migrasi dari molekul protein yakni:
1. Ukuran molekul protein
Migrasi molekul protein berukuran besar lebih lambat daripada migrasi molekul berukuran kecil.K
2. Konsentrasi gel
Migrasi molekul protein pada gel berkosentrasi rendah lebih cepat daripada migrasi molekul protein yang sama pada gel berkosentrasi tinggi.
3. Bufer (penyangga) dapat berperan sebagai penstabil medium pendukung dan dapat mempengaruhi kecepatan gerak senyawa karena ion sebagai pembawa protein yang bermuatan.
ü Kekuatan ion yang tinggi dalam bufer akan meningkatkan panas sehingga aliran listrik menjadi maksimal. Hal ini dapat mempercepat gerakan molekul protein.
ü Kekuatan ion rendah dalam bufer akan menurunkan panas sehingga aliran listrik akan sangat minimal dan migrasi molekul protein sangat lambat.
4. Medium penyangga
Medium pendukung ideal untuk elektroforesis adalah bahan kimia inert yang bersifat relatif stabil, mudah ditangani dan mempunyai daya serap yang baik, sebagai migrasi elektron atau penyaringan berdasarkan ukuran molekul seperti gel poliakrilamid.
5. Kekuatan voltase
1. Voltase yang dipakai rendah (100-500) V, kecepatan migrasi molekul sebanding dengan tingginya voltase yang digunakan.
2. Voltase yang dipakai tinggi (500-10000) V, mobolitas molekul meningkat secara lebih tajam dan digunakan untuk memisahkan senyawa dengan BM rendah serta jenis arus yang dipakai selalu harus searah (bukan bolak-balik).
6. Temperatur medium disaat proses elektroforesis berlangsung. Jika temperature tinggi akan mempercepat proses bermigrasinya protein dan sebaliknya jika temperatur rendah akan mengurangi kekuatan bermigrasinya protein.
Kelompok akan menjawb pertnyaan dari kezia Palaapi
HapusCoba kelompok jelaskan prosedur untuk pemetaan kromosom pada hewan
Jawaban :
Prosedur untuk pemetaan kromosom. (A), Metode. Biasanya 30 mutan binatang (homozigot Bristol mutasi DNA sekitarnya) dan 30 jenis hewan liar (Bristol heterozigot / Hawaii atau homozigot DNA Hawaii) adalah lysed dalam 20 μL buffer lisis. Lisis tersebut kemudian ditambahkan ke campuran PCR kurang primer, dan campuran mengalami aliquoted ke dalam setiap baris lainnya yang baik 96 piring. Primer yang ditambahkan oleh pin replikasi dari sebuah pelat master. Karena beban pipet 8-channel setiap jalur lain dari gel, setiap reaksi mutan ditempatkan di samping kontrol. DNA tangga biasanya ditempatkan di jalur 17 dan 34. (B), Hasil dari Bristol N2 homozigot dan CB4856 Hawaii genotipe. 50 Bristol orang dewasa dan 50 orang dewasa Hawaii adalah lysed dalam 20 μL buffer lisis, dan digunakan untuk DNA template untuk 48 reaksi PCR yang mencakup semua enam kromosom. Perhatikan bahwa Bristol murni dan DNA Hawaii digunakan untuk setiap reaksi PCR dalam gel ditampilkan. Ketika pemetaan mutan resesif di latar belakang Bristol terhadap strain Hawaii, SNP unlinked akan menampilkan band campuran Bristol dan band Hawaii 50-50 di kedua mutan dan non-mutan jalur. Linked SNP akan menampilkan band pengayaan Bristol di jalur mutan, mendekati 100% Bristol untuk linkage ketat. Jalur non-mutan akan menampilkan 2 / 3 untuk 1 / 3 pengayaan Hawaii dibandingkan dengan Bristol DNA.
Kelompok akan mejawab pertanyaan dari Ezra Ondang
HapusJawaban :
Teknik utama untuk memetakan daerah DNA besar tersebut adalah pemetaan IKAN resolusi tinggi, yang dapat dicapai dengan hibridisasi probe ke kromosom antarfase yang diperluas atau kromatin yang diperluas secara artifisial. Karena struktur hierarkis mereka kurang terkondensasi dibandingkan dengan kromosom prometafase dan metafase , target hibridisasi in-situ standar, resolusi tinggi pemetaan fisik dapat dihasilkan. Pemetaan FISH menggunakan interphase chromosome adalah metode in situ konvensional untuk memetakan urutan DNA dari 50 hingga 500 kilobase, yang sebagian besar merupakan klon DNA sintenik . Namun, kromosom yang diperluas secara alami mungkin dilipat kembali dan menghasilkan pesanan peta fisik alternatif.
Kelompok akan menjawab pertanyaan dari Ni ketut riskayani
HapusApakah proses metabolisme mempengaruhi bentuk dan aktivitas DNA?
Proses metabolisme maupun faktor lingkungan dapat mempengaruhi bentuk dan aktivitas DNA, bahkan hingga mengalami kerusakan.
Kelompok akan menjawab pertanyaan dari
HapusNama : Dewanti Putri K. Gobel
Nim : 18507038
Pertanyaan : Coba kelompok jelaskan 2 jenis hibridisasi
Jawaban:
1. Hibridisasi sp3
Hibridisasi sp3 merupakan hibridisasi yang melibatkan penggabungan 1 orbital s dengan 3 orbital p yang terdiri dari px, py, dan pz menghasilkan sp3 yang dapat digunakan untuk berikatan dengan 4 atom lain.
Hibridisasi sp3 memiliki jenis ikatan tunggal atau satu ikatan sigma dimana kekuatan ikatan pada hibridisasi ini paling lemah diantara hibridisasi lainnya, sedangkan panjang ikatan pada hibridisasi ini yang paling besar diantara lainnya. Molekul dengan hibridisasi sp3 akan menghasilkan bentuk geometri tetrahedral. Contoh hibridisasi sp3 adalah pada molekul CH4.
2. Hibridisasi sp2
Pada hibridisasi sp2, sesuai namanya merupakan penggabungan 1 orbital s dengan 2 orbital p sehingga terdapat 1 orbital p bebas yang tidak digunakan untuk hibridisasi. Hibridisasi sp2 menghasilkan jenis ikatan rangkap 2 sehingga kekutan ikatannya lebih tinggi daripada ikatan tunggal dan panjang ikatan yang dihasilkan juga lebih pendek.
Dalam hibridisasi ini ikatan rangkap dapat terjadi karena adanya 1 orbital p bebas yang dapat membentuk ikatan phi dengan orbital dari atom lain. Hibridisasi sp2 akan menghasilkan bentuk geometri planar dengan sudut ikatan 120. Contoh molekul yang memiliki hibridisasi sp2 adalah C2H4.
Terima kasih kelompok atas jawabannya yang sangat jelas
HapusKelompok akan menjawab pertanyaan dari
HapusNama : Syane Katiandagho
Nim : 18507021
Pertanyaan : toloong kelompok simpulkan bagaimana hubungan antara urutan DNA target dan sifat fenotipik
Jawaban:
Hubungan antara urutan DNA dan sifat fenotip
Letak gen pada suatu DNA atau kromosom disebut dengan lokus. Pada sepasang kromosom homolog, lokus yang sama memiliki gen yang sama, namun alelnya bisa sama atau berbeda.
Alel adalah bentuk alternatif dari suatu gen. Alel terbentuk karena adanya variasi nukleotida pada segmen DNA. Perbedaan urutan basa ini menyebabkan alel yang berbeda memicu terbentuknya fenotip yang berbeda.
Kelompok akan menjawab pertanyaan dari Nathasya Kumayas
HapusSomatik hibrida sel yang disebut somatik, GT mengacu pada dua sel yang berbeda menjadi sebuah prosedur fusi sel somatik. Bergabung membentuk sel-sel hibrida, baik dua kromosom.
Pengantar singkat
Organisme kecuali sel germinal adalah semua sel di luar sel. Dipisahkan dari sel-sel kultur jaringan tubuh apakah disiplin penelitian genetika yang disebut sel somatik genetika (somaticgenetics). Sel kultur dapat artifisial dikontrol atau diubah kondisi lingkungan, dan untuk menetapkan baris sel, pelestarian jangka panjang, untuk berbagai studi normal dan patologis. Pemetaan gen dikaitkan dengan hibridisasi somatik (somaticcellhybridization).
Hibridisasi Radiasi adalah proses melakukan perubahan materi genetik pada makhluk hidup dengan radiasi gelembang elektromagnetik, sehingga menyebabkan mutasi akibat perubahan materi genetik ini. Mutasi-mutasi yang terjadi kemudian diseleksi, mana yang memiliki sifat unggul
Hibridisasi in situ (ISH) adalah jenis hibridisasi yang menggunakan untaian pelengkap DNA berlabel, RNA atau untai asam nukleat yang dimodifikasi (yaitu, probe ) untuk melokalisasi sekuens DNA atau RNA tertentu dalam bagian atau bagian jaringan ( in situ ) atau jika jaringannya cukup kecil (misalnya, bibit tanaman, embrio Drosophila ), di seluruh jaringan (seluruh gunung ISH), dalam sel, dan dalam sel tumor yang bersirkulasi (CTCs). Ini berbeda dari imunohistokimia , yang biasanya melokalisasi protein di bagian jaringan.
Itulah hasil diskusi dari kelompok kami, untuk pertanyaan dan antusias dari teman-teman kami dari kelompok 4 mengucapkan banyak terima Kasih 🙏🙏
HapusSaya akan menambah jawaban dari pertanyaan Natasya kumayas
HapusHibridisasi somatik adalah teknik persilangan untuk menghasilkan hibrida
melalui fusi sel tubuh (Bhojwani dan Razdan, 1983) sel somatik terjadi secara buatan melalui dua cara yaitu secara kimiawi seperti perlakuan
dengan sodium nitrat, ion kalsium, polietilen glikol (PEG) atau menggunakan
medan listrik seperti mikrofusi dan elektrofusi dalam mengatasi hambatan
persilangan telah berhasil pada sejumlah besar tanaman (Bajaj, 1994; Chawla,
2002).
hybridization merupakan teknik cytochemical untuk menentukan letak spesifik sekuen DNA atau RNA dalam suaut organisme (McFadden, 1995). In situ hybridization (ISH) sudah banyak digunakan dan merupakan teknik yang sangat penting dalam berbagai penelitian molekuler. Teknik ini dapat memungkinkan kita untuk menentukan lokasi fisik sekuen DNA di dalam kromosom dengan tepat. Teknik ini memanfaatkan sekuens DNA yang berulang sebagai label radioactive atau biotinylatel probes untuk menentukan letak sekuens tersebut di dalam kromosom (Devi, et al. 2005).
Saya Marliani Tentero akan menambahkan jawaban dari kelompok untuk pertanyaan ni ketut riskayani, yaitu : apakah proses metabolisme mempengaruhi bentuk dan aktivitas gen?
HapusJawab:
aktivitas metabolisme normal maupun faktor lingkungan seperti sinar ultraviolet dan pancaran radiasi dapat menyebabkan kerusakan struktural pada molekul DNA, sehingga dapat mengubah ataupun menghilangkan kemampuan transkripsi gen. Pada proses metabolisme dapat melepaskan senyawa yang merusak DNA termasuk oksigen reaktif , nitrogen reaktif , karbonil reaktif, produk peroksidasi lipid dan agen alkilasi.
Terima kasih marlianai tatero atas tambahan jawabanya🤗🤗
HapusTeima kasih banyak atas jawaban dari kelompok
HapusSangat jelas
Sama2 ni ketut riskayani
HapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusKenapa di hapus
HapusMohon Maaf mner tadi ada kesalahan🙏
HapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusKamis,19 Maret 2020
BalasHapusNama: Putri Nurmala Sianipar
Nim: 18507015
Kelas: pendidikan biologi A
Baiklah teman² itulah hasil pemaparan materi via online dari kelompok 4. Trimakasih untuk partisipasinya dalam memberikan pertanyaan🙏
BalasHapusKelompok 4
Juliana Heldy Poli 18 507 001
Villa Mokodongan 18 507 003
Vivi Paparo 18 507 010
Silahkan peserta MK menanggapi materi yang telah disampaikan oleh kelompok.... Akan menjadi catatan kami...
BalasHapusTerima kasih atas kesempatan
HapusSaya akan menanggapi materi yang disampaikan kelompok tadi, menurut saya materi yang disampaikan oleh kelompok sudah baik, sehingga kelompok mudah saat menjawab pertanyaan-pertanyaan yang diberikan oleh teman-teman sekalian. Itu tanggapan dari saya
Terima kasih
Materi yang dibawakan kelompok sudah sangat baik dan jelas
HapusDan diskusi berjalan dengan baik dengan pertanyaan2 yang diberikan oleh teman- teman.dan kelompok dapat menjawab semua dengan jawaban yang jelas.
Terimakasih kelompok 😇
Tanggapan saya, berdasarkan hasil pemaparan kelompok..
HapusSaya EZRA SHEREND ONDANG mengajukan pertanyaan :
Dalam pembahasan kelompok pada bagian pementaan, Tiga varietas dasar pemetaan fisik adalah fluorescent in situ hybridization (FISH), pemetaan situs restriksi, dan pengurutan oleh klon.
Jelaskan Pemetaan yang paling spesifik di gunakan dan yang cocok untuk Perkembangan saat ini?
Kelompok menjawab,Teknik utama untuk memetakan daerah DNA besar tersebut adalah pemetaan IKAN resolusi tinggi, yang dapat dicapai dengan hibridisasi probe ke kromosom antarfase yang diperluas atau kromatin yang diperluas secara artifisial. Karena struktur hierarkis mereka kurang terkondensasi dibandingkan dengan kromosom prometafase dan metafase , target hibridisasi in-situ standar, resolusi tinggi pemetaan fisik dapat dihasilkan. Pemetaan FISH menggunakan interphase chromosome adalah metode in situ konvensional untuk memetakan urutan DNA dari 50 hingga 500 kilobase, yang sebagian besar merupakan klon DNA sintenik . Namun, kromosom yang diperluas secara alami mungkin dilipat kembali dan menghasilkan pesanan peta fisik alternatif.
Jadi dapat Saya simpulkan,menurut kelompok yang paling cocok dan spesifik di gunakan adalah FISH.
FISH sangat membantu
menyelesaikan kasus retardasi mental dan
sindrom malformatif yang semakin meningkat,
sehingga konseling kepada keluarga yang terkena
menjadi tepat sasaran
Saya Marjanoal Mandey akan menanggapi materi yang telah di sampaikan oleh kelompok.
HapusMenurut Saya materi yg telah di sampaikan tadi sudah bagus. Cara Dan langkah-langkah penyampaiannya juga bagus. tambahan Saya utk kelompok jika Ada penjelasan kalimat yg di ambil dri bhs inggris. Tolong kelompok tuliskan singkatan tersebut dri bhs inggris Dan di translate ke bhs Indonesia. Tadi Saya sedikit bingung membacanya karena kalimat yg awalnya berasal dari bhs inggris, tpi tidak di tuliskan di dlm materi.
Itu saja tanggapan saya.
Terima kasih.
Dari hasil pembahasan hari ini materi yang di sampaikan kelompok sangat bagus dan menarik seperti metode pemetaan fisik di mana tujuanya untuk memperoleh urutan genom lengkap untuk menyimpulkan hubungan antara urutan DNA target dan sifat fenotipik. Dari metode tersebut dapat di lihat bahwa semakin canggihnya alat alat yang di gunakan dalam penelitian serta dengan banyaknya metode metode dalam bio molekuler memungkinkan manusia mampu merekayasa genetik suatu tumbuhan ataupun hewana. Terima kasih untuk kelompok karena sudah membawakan materi yang sangat menari di harapkan kedepanya kelompok bisa lebih baik lagi.
Hapusmenurut tanggapan saya matri yang di sampaikan kelompok sudah baik sehingga semua pertanyaan yang di berikan sudah di jawab dengan baik.
BalasHapustrima kasih
Tanggapan saya kelompok telah membawakan prestasi yang baik kedepannya harap lebih baik lagi terimakasih
Hapus(Wanda sasue)
Mana pertanyaan.. Kritik... Saran dan diskusi mendalamnya
HapusTanggapan saya mengenai pemaparan materi dari kelompok sudah jelas dan baik sehingga pertanyaan" yang diberikan,dapat dijawab oleh kelompok.
BalasHapusTerima kasih untuk jawabannya 😊
Kelompok telah menjawab pertanyaan dari Nathasya Kumayas
HapusSomatik hibrida sel yang disebut somatik, GT mengacu pada dua sel yang berbeda menjadi sebuah prosedur fusi sel somatik. Bergabung membentuk sel-sel hibrida, baik dua kromosom.Pengantar singkat Organisme kecuali sel germinal adalah semua sel di luar sel. Dipisahkan dari sel-sel kultur jaringan tubuh apakah disiplin penelitian genetika yang disebut sel somatik genetika (somaticgenetics). Sel kultur dapat artifisial dikontrol atau diubah kondisi lingkungan, dan untuk menetapkan baris sel, pelestarian jangka panjang, untuk berbagai studi normal dan patologis. Pemetaan gen dikaitkan dengan hibridisasi somatik (somaticcellhybridization).
Hibridisasi Radiasi adalah proses melakukan perubahan materi genetik pada makhluk hidup dengan radiasi gelembang elektromagnetik, sehingga menyebabkan mutasi akibat perubahan materi genetik ini. Mutasi-mutasi yang terjadi kemudian diseleksi, mana yang memiliki sifat unggul
Hibridisasi in situ (ISH) adalah jenis hibridisasi yang menggunakan untaian pelengkap DNA berlabel, RNA atau untai asam nukleat yang dimodifikasi (yaitu, probe ) untuk melokalisasi sekuens DNA atau RNA tertentu dalam bagian atau bagian jaringan ( in situ ) atau jika jaringannya cukup kecil (misalnya, bibit tanaman, embrio Drosophila ), di seluruh jaringan (seluruh gunung ISH), dalam sel, dan dalam sel tumor yang bersirkulasi (CTCs). Ini berbeda dari imunohistokimia , yang biasanya melokalisasi protein di bagian jaringan.
Tambahan dari putri sianipar :Hibridisasi somatik adalah teknik persilangan untuk menghasilkan hibrida melalui fusi sel tubuh (Bhojwani dan Razdan, 1983) sel somatik terjadi secara buatan melalui dua cara yaitu secara kimiawi seperti perlakuan dengan sodium nitrat, ion kalsium, polietilen glikol (PEG) atau menggunakan medan listrik seperti mikrofusi dan elektrofusi dalam mengatasi hambatan Persilangan telah berhasil pada sejumlah besar tanaman (Bajaj, 1994; Chawla, 2002).
hybridization merupakan teknik cytochemical untuk menentukan letak spesifik sekuen DNA atau RNA dalam suaut organisme (McFadden, 1995). In situ hybridization (ISH) sudah banyak digunakan dan merupakan teknik yang sangat penting dalam berbagai penelitian molekuler. Teknik ini dapat memungkinkan kita untuk menentukan lokasi fisik sekuen DNA di dalam kromosom dengan tepat. Teknik ini memanfaatkan sekuens DNA yang berulang sebagai label radioactive atau biotinylatel probes untuk menentukan letak sekuens tersebut di dalam kromosom (Devi, et al. 2005).
Saran dari saya utk diskusi ini,agar supaya mahasiswa lebih aktif untuk memberikan tambahan atas jawaban yang telah diberikan oleh kelompok agar supaya tambahan tersebut akan menyempurnakan makala yang telah dibuat oleh kelompok.
HapusNama : Nathasya Kumayas
HapusNim : 18507027
Mana pertanyaan.. Kritik... Saran dan diskusi mendalamnya
BalasHapusSaya EZRA SHEREND ONDANG mengajukan pertanyaan :
HapusDalam pembahasan kelompok pada bagian pementaan, Tiga varietas dasar pemetaan fisik adalah fluorescent in situ hybridization (FISH), pemetaan situs restriksi, dan pengurutan oleh klon.
Jelaskan Pemetaan yang paling spesifik di gunakan dan yang cocok untuk Perkembangan saat ini?
Kelompok menjawab,Teknik utama untuk memetakan daerah DNA besar tersebut adalah pemetaan IKAN resolusi tinggi, yang dapat dicapai dengan hibridisasi probe ke kromosom antarfase yang diperluas atau kromatin yang diperluas secara artifisial. Karena struktur hierarkis mereka kurang terkondensasi dibandingkan dengan kromosom prometafase dan metafase , target hibridisasi in-situ standar, resolusi tinggi pemetaan fisik dapat dihasilkan. Pemetaan FISH menggunakan interphase chromosome adalah metode in situ konvensional untuk memetakan urutan DNA dari 50 hingga 500 kilobase, yang sebagian besar merupakan klon DNA sintenik . Namun, kromosom yang diperluas secara alami mungkin dilipat kembali dan menghasilkan pesanan peta fisik alternatif.
Jadi dapat Saya simpulkan,menurut kelompok yang paling cocok dan spesifik di gunakan adalah FISH.
FISH sangat membantu
menyelesaikan kasus retardasi mental dan
sindrom malformatif yang semakin meningkat,
sehingga konseling kepada keluarga yang terkena
menjadi tepat sasaran
Tanggapan saya, kelompok sudah membawakan presentasi dengan baik dan jawabannya jga sudah cukup jelas, dan untuk kedepannya di harapkan kelompok selanjutnya membawa kan materi dengan baik dan jelas.
BalasHapusTerima kasih
(Fidela Tandek 18507014)
Terimakasih untuk kelompok 4 yang sudah membawakan materi tentang "Teknik Molekuler untuk Studi Gen dan Aktifitas Gen" dan sudah menjawab pertanyaan-pertanyaan dengan baik, semoga bisa menambah wawasan dan pengetahuan kita tentang biologi molekuler
BalasHapusSaya Anastasia sasamu akan menanggapi pemaparan materi dari kelompok 4.
BalasHapusDari hasil pembahasan, saya melihat kelompok membahasnya dengn baik dan sudah menjawab pertanyaan dari teman-teman dengan baik. Alangkah baiknya kedepanya di buat lebih baik lagi. Terima kasih.
Terima kasih kepada kelompok 4 atas jawaban yang telah diberikan atas pertanyaan :
BalasHapusDalam makalah disinggung mengenai varietas dasar pemetaan fisik salah satunya fluorescent in situ hybridization (FISH) , apa manfaat dari FISH tersebut ?
kini saya tau manfaat dari FISH yaitu mendeteksi kelainan genetik tertentu dan dapat menyelesaikan kasus retardasi mental dan sindrom malformatif.
Mihon kalau berdiskusi jangan hanya menyampaikan /memuji tanggapan atau jawaban dari klmpk pembahas tetapi memberikan tanggapan atau catatan ataupun analis mengenai pokok materi atau permasalahan..... Baru di bilang berdiskusi
BalasHapusContoh komentar yg baik dan bagus adalah dari komentar sdr Claudya Lucas.. Good...
BalasHapusTanggalan saya untuk kelompok, terima kasih untuk kelompok yg sudah membawakan materi Teknik Molekuler untuk studi Gen dan aktivitas Gen dan sudah berusaha menjawab pertnyaan² yang diberikan. Namun, ada beberapa pertanyaan yang dijawab oleh kelompok yang tidak dijawab secara rinci. Contohnya jawaban untuk pertanyaan dari ni ketut riskayani, wanda sasue dan marjanoal mandey. Menurut saya kelompok bukan hanya menjawab, tapi harus menjelaskan sejelas mungkin agar kita semua dapat lebih cepat untuk memahami materi.
BalasHapusTerima kasih😁
Benar coba Kelompok lebih merinci jawaban atas pertanyaan yg di ajukan
HapusSelamat Malam mner dan teman2. Ini Makalah Materi 3 Transkripsi pada prokariot.
BalasHapusDisusun oleh
1. Dewanti Gobel (18507038)
2. Syane Katiandago (18507021).
BAB 2 Pembahasan
A. Mekanisme transkripsi pada prokariot
Transkripsi adalah proses penyalinan kode2 genetik yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Dalam transkripsi itu ada beberapa bagian seperti mekanisme dasar,struktur gen,struktur promoter, gen struktural, terminator, RNA polimerase, mekanisme transkripsi, terminasi.
Baik transkripsi di eukariot maupun prokariot sama2 melalui tahapan berikut:
Penempelan faktor2 pengendali transkripsi di promotor, misalnya RNA polimerase (Inisiasi).
Pembentukan kompleks promotor terbuka (open promotor complex). G seperti replikasi dmn DNA bener2 dibuka pada transkripsi pilinan DNA dibuka namun masih tetep di dalam RNA polimerase.
RNA polimerase membaca DNA template dan melakukan pengikatan nukleotida yg komplementer(Elongasi).
Setelah pemanjangan untaian RNA, diikuti dengan terminasi yang ditandai dengan lepasnya RNA polimerase dari DNA yang ditranskripsi (Terminasi).
Transkripsi pada Prokario
Sel Prokariotik proses trankripsi terjadi terjadi didalam sitoplasma.
Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah organisasi dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor. Misal operon lac, pada metabolisme laktosa pada bakteri E.coli. Pada waktu ditranskripsi operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang membawa kode2 genetik untuk polipeptida berbeda yang disebut dengan mRNA polisistronik.
transkripsi pada prokariot berlangsung dalam tiga tahap, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.
1. Inisiasi
HapusBerbeda dengan sintesis DNA, sintesis RNA dapat berlangsung tanpa adanya molekul primer. Oleh karena hampir semua tapak inisiasi transkripsi berupa basa G atau A, maka nukleosida trifosfat pertama yang digunakan untuk sintesis RNA adalah GTP atau ATP. Mula-mula RNA polimerase akan menggabungkan dua nukleotida pertama dan membentuk ikatan fosfodiester di antara kedua nukleotida tersebut. Selanjutnya, sembilan basa pertama ditambahkan tanpa disertai pergeseran RNA polimerase di sepanjang molekul DNA. Pada akhir penambahan masing-masing basa ini akan terdapat peluang yang nyata terjadinya aborsi untai RNA yang baru terbentuk itu. Proses inisiasi abortif mempengaruhi laju transkripsi secara keseluruhan karena proses tersebut memegang peranan utama dalam menentukan waktu yang dibutuhkan oleh RNA polimerase untuk meninggalkan promoter dan memungkinkan RNA polimerase lainnya menginisiasi putaran transkripsi berikutnya. Waktu minimum untuk pengosongan promoter ini adalah 1 hingga 2 detik, suatu waktu yang relatif lama bila dibandingkan dengan waktu untuk tahap-tahap transkripsi lainnya.
2. Elongasi
Jika inisiasi berhasil, RNA polimerase melepaskan faktor s, dan bersama-sama dengan DNA dan RNA nasen (RNA yang baru disintesis), akan membentuk kompleks terner atau kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan adanya kompleks terner ini RNA polimerase dapat berjalan di sepanjang molekul DNA. Artinya, promoter akan ditinggalkannya untuk kemudian ditempati oleh holoenzim RNA polimerase berikutnya sehingga terjadi reinisiasi transkripsi. Bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks, atau disebut dengan gelembung transkripsi (transcription bubble), akan terlihat bergeser di sepanjang molekul DNA sejalan dengan gerakan RNA polimerase. Panjang bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks tersebut relatif konstan, yakni sekitar 17 pb sedangkan ujung 5’ molekul RNA yang disintesis akan membentuk heliks hibrid dengan pita antisens DNA sepanjang lebih kurang 12 pb. Ukuran ini ternyata tidak mencapai satu putaran heliks.
RNA polimerase E. coli bergerak dengan kecepatan rata-rata 40 nukleotida per detik. Akan tetapi, angka ini dapat bervariasi sesuai dengan urutan lokal DNA (urutan DNA yang telah dicapai oleh RNA polimerase). Tetap dipertahankannya bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks menunjukkan bahwa RNA polimerase membuka heliks DNA di depan gelembung transkripsi dan menutup heliks DNA di belakangnya. Dengan demikian, heliks hibrid RNA-DNA harus berputar setiap kali terjadi penambahan nukleotida pada RNA nasen.
3. Terminasi
RNA polimerase tetap terikat pada DNA dan melangsungkan transkripsi hingga mencapai urutan terminator (sinyal stop), yang pada umumnya berupa struktur seperti tusuk konde (hairpin). Struktur yang terdiri atas batang dan lengkung (loop) ini terjadi karena RNA hasil transkripsi mengalami komplementasi diri. Biasanya, bagian batang sangat kaya dengan GC sehingga sangat stabil (GC mempunyai ikatan rangkap tiga). Di sebelah downstream (3’) dari struktur tusuk kode sering kali terdapat urutan yang terdiri atas empat U atau lebih. RNA polimerase akan segera berhenti begitu struktur tusuk konde RNA disintesis. Bagian ujung RNA yang mengandung banyak U tersebut mempunyai ikatan yang lemah dengan basa-basa A pada DNA cetakan sehingga molekul RNA hasil sintesis akan dengan mudah terlepas dari kompleks transkripsi. Selanjutnya, pita DNA cetakan yang sudah tidak berikatan atau membentuk hibrid dengan RNA segera menempel kembali pada pita DNA komplemennya. RNA polimerase inti pun akhirnya terlepas dari DNA.
- Terminasi menggunakan protein rho
HapusSelain karena adanya struktur tusuk konde, terminasi transkripsi dapat juga terjadi dengan bantuan suatu protein khusus yang dinamakan protein rho (ρ). Rho merupakan protein heksamer yang akan menghidrolisis ATP dengan adanya RNA untai tunggal. Protein ini nampak terikat pada urutan sepanjang 72 basa pada RNA, yang diduga lebih disebabkan oleh pengenalan suatu struktur spesifik daripada karena adanya urutan konsensus. Rho bergerak di sepanjang RNA nasen menuju kompleks transkripsi. Pada kompleks transkripsi ini rho memungkinkan RNA polimerase untuk berhenti pada sinyal terminator tertentu. Sinyal-sinyal terminator ini, seperti halnya sinyal terminator yang tidak bergantung kepada rho, lebih dikenali oleh RNA daripada oleh DNA cetakannya. Adakalanya terminator tersebut juga berupa struktur tusuk konde tetapi tidak dikuti oleh urutan poli U.
B. kontrol operon
Di dalam sel prokaryot, terdapat beberapa gen struktural yang diekspresikan secara bersama-sama dengan menggunakan suatu promotor yang sama. Kelompok gen semacam ini disebut sebagai “operon”. Misalnya metabolisme laktosa, arabinosa, dan lain-lain. Pada prokaryot, secara umum dikenal dua macam sistem pengendalian ekspresi genetik yaitu pengendalian positif dan pengendalian negatif. Pengendalian (regulasi) pada suatu gen atau operon melibatkan aktivitas suatu gen regulator (Yuwono,2005)
Gen pada sebuah operon diekspresikan secara terkoordinasi. Gen tersebut dapat diaktifkan atau dinonaktifkan. Apabila terjadi ekspresi operon, semua gen yang terdapat di dalamnya mengalami transkripsi. Dalam hal ini terbentuk mRNA polisistronik yang mengkode semua protein operon. mRNA polisistronik ini mengandung banyak rangkaian kodon start dan kodon stop yang memungkinkan pembentukan sejumlah protein dari sebuah transkrip pada tingkat translasi.
Transkripsi operon juga dikendalikan oleh faktor sigma (σ) yang berikatan dengan RNA polimerase yang menyebabkan faktor tersebut mengenali dan lebih mudah berikatan dengan promotor tertentu. Mekanisme lain melemahkan transkripsi RNA yang sedang berlangsung. Banyak mekanisme pengatur ini mungkin saling tumpang tindih, bekerja pada operon tunggal untuk memungkinkan berespon dengan cepat terhadap perubahan kondisi.
Sistem Regulasi Operon laktosa
Laktosa adalah gula bisakarida, yaitu gula yang tersusun atas dua molekul gula sederhana, yaitu glukosa dan galaktosa. Laktosa dapat diuraikan menjadi glukosa dan galaktosa dengan bantuan enzim β−galaktosidase.
Bakteri E. coli dalam hidupnya dapat memanfaatkan baik laktosa maupun glukosa tergantung gula mana yang tersedia dilingkungan. Bakteri E. coli mempunyai kemampuan mensisntesis β−galaktosidase sehingga bila laktosa yang dimanfaatkan sebagai sumber karbon maka bakteri tersebut akan mampu mengubah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Namun bila tersedia laktosa dan glukosa maka bakteri akan memilih glukosa sebagai sumber karbon, karena glukosa merupakan gula yang lebih langsung dimanfaat dalam proses metabolisme. Kemampuan bakteri untuk memilih laktosa dan glukosa sebagai sumber karbon telah memunculkan pertanyaan apakah bakteri akan tetap mensintesis β−galaktosidase seandainya glukosa yang jadi pilihan. Jawabannya ialah bahwa bakteri mampu mengatur ekspresi gen penyandi β−galaktosidase sesuai dengan pilihan sumber karbon yaitu laktosa atau glukosa.
Dalam penjelasannya Jacob dan Monod memperkenalkan istilah operon, yang mempunyai pengertian sekelompok gen yang diapit secara bersamaan oleh sepasang promotor dan terminator. Gen-gen pada satu operon akan diekspresikan secara bersamaan melalui inisiasi transkripsi pada promotor yang sama dan berakhir pada terminator yang sama. Pada operon laktosa terdapat tiga gen yaitu lac-Z, lac- Y, dan lac-A, yang masing-masing menyandikan β−galaktosidase, permease, dan transasetilase. Gen-gen yang berada pada satu operon mempunyai hubungan fungsi dalam metabolisme.
Pengaturan ekspresi operon laktosa dilakukan oleh suatu protein regulator yang akan berinteraksi dengan promotor. Protein regulator tersebut akan menentukan inisiasi translasi yang dilakukan oleh transkriptase. Protein pengatur dihasilkan oleh gen regulator, yaitu gen yang produk ekspresinya berperan mengatur ekspresi gen lain. Dalam kasus operon laktosa terdapat dua gen regulator yaitu gen lac-i dan gen crp. Gen lac-i berhubungan dengan kehadiran laktosa, sedangkan gen crp berhubungan dengan kehadiran glukosa. Gen yang diatur tersebut dinamakan gen struktural, sebagai contoh gen lac-Z, lac-Y, dan lac-A pada operon laktosa. Jadi gen regulator berperan mengatur ekspresi gen struktural.
Hapus-Sistem Regulasi Operon trp
Pada operon trp terdapat lima gen struktural yaitu trp-E, trp-D. trp-C, trp-B, dan trp-A, dan satu gen pengawal yaitu trp-L yang berfungsi dalam regulasi. Gen trp-E sampai trp-A keseluruhannya menyandikan enzim yang berperan dalam satu lintasan metabolisme triptofan. Trp-L merupakan gen yang paling dekat pada promotor. Regulasi ekspresi operon trp berbeda dengan regulasi operon lac; pada operon lac regulasi dilakukan pada tingkat inisiasi atau pada tingkat promotor, sedangkan regulasi operon trp berlangsung pada tingkat RNA hasil transkripsi. Pada operon trp satu gen pengawal (trp-L) yang terletak tepat di belakang promotor, berfungsi sebagai regulator. Inisiasi transkripsi, pada promotor, akan berjalan tanpa hambatan dan transkriptase masuk ke ruas trp-L.
Regulasi berlangsung pada saat enzim transkriptase berada pada ruas trp-L, yang akan menentukan apakah transkripsi akan berhenti pada trp-L atau dilanjutkan ke ruas gen yang ada di belakangnya (trp-E sampai trp-A).
Dalam keadaan sel kekurangan triptofan dengan adanya ekspresi gen-gen pada operon trp maka akan terjadi peningkatan kuantitas triptofan dalam sel. Kuantitas tiptofan dalam sel akan mengendalikan ekspresi gen-gen pada operon ini, yaitu pada konsentrasi tertentu triptofan akan menghentikan ekspresi gen-gen tersebut. Regulasi oleh triptofan berhubungan dengan ruas trp-L. Pada ruas trp-L terdapat dua kodon yang berhubungan dengan asam amino triptofan yaitu kodon yang terletak pada basa 54 sampai 59. Saat transkripsi sedang berjalan pada ruas gen trp-L, RNA yang dihasilkan transkripsi tersebut juga mulai dibaca oleh ribosom atau ditranslasikan. Ribosom akan berjalan membaca kodon-kodon yang terdapat RNA tersebut dan merangkaikan berbagai asam amino yang sesuai. Pergerakan ribosom akan berjalan lancar selama tersedia amino-asil-tRNA yangcocok dengan kodon yang dibaca ribosom tersebut.
C. Interasi DNA-Protein
Hapusprotein-DNA biasanya melibatkan faktor-faktor transkripsi yang mengikat elemen regulasi pada promotor gen. Karakterisasi interaksi demikian dapat dilakukan dengan uji footprinting dan metode lain yang lebih langsung untuk mengetahui pengikatan protein pada DNA, seperti uji pergeseran mobilitis elektroforetik (electrophoretic mobility shift assay). Tujuan studi terebut adalah untuk mengidentifikasi daerah pada gen yang mengikat protein, untuk mengkarakterisasi transcription factor, dan untuk mengkorelasikan hasil-hasil tersebut dengan studi fungsi regulasi promotor.
DNA footprinting
Teknik footprinting didasarkan pada sifat protein yang dapat melindungi DNA terhadap digesti oleh nuklease, dengan demikian akan meninggalkan jejak (footprint) pada posisi di mana protein terikat. Uji footprinting dapat dilakukan secara in vivo dan in vitro, dan pendekatan ini seringkali memberikan hasil yang berbeda, yang menunjukkan bahwa interaksi (atau protein yang terlibat) yang terjadi pada sel utuh (intact cell) berbeda dengan yang terjadi pada DNA saja (naked DNA) yang dicampur dengan ekstrak protein inti sel.
Pada footprinting in vitro, DNA dilabel pada satu atau kedua untainya dan dicampur dengan protein inti sel. Setelah protein terikat secara spesifik pada DNA dengan urutan basa tertentu (sequence-specific), DNAse I nuklease ditambahkan pada konsentrasi yang akan memotong DNA secara (hampir) acak. Konsentrasi DNAse I yang ditambahkan harus mendigesti DNA pada lebih dari satu tempat sehingga akan dihasilkan tangga (ladder) fragmen potongan yang terlabel. Daerah di mana protein terikat pada DNA akan terlindung atau tidak dapat didigesti oleh DNAse I. Sebagai kontrol, dilakukan digesti DNA yang sama tanpa menambahkan protein inti sel, atau lebih baik lagi jika digunakan ekstrak yang tidak mengandung transcription factor tertentu. Reaksi digesti kemudian dielektroforesis pada gel sekuensing DNA. Daerah yang terlindung oleh protein akan tidak terdigesti yang jika dibandingkan dengan DNA kontrol nampak sebagai tempat yang kosong (gap). Footprinting in vivo mirip seperti yang telah diterangkan, hanya saja sel yang dipermeabilisasi, atau inti sel utuh, didigesti dengan DNAse I sebelum DNAnya diisolasi.
Metode footprinting ini sangat berguna untuk mengetahu interaksi protein-DNA, namun mempunyai beberapa kelemahan diantaranya hanya dapat digunakan untuk menganalisis 150-200 pb; daerah yang terlindung pada suatu gen dapat ditentukan, namun jenis dan sifat protein yang terikat tidak dapat diidentifikasi; sensitivitas uji ini rendah dan hanya mendeteksi protein yang berjumlah banyak dan mempunya afinitas tinggi terhadap DNA karena DNA bebas dalam reaksi akan mengganggu uji ini. Resolusi tempat pengikatan juga relatif rendah, karena pemotongan oleh DNAse I dapat terjadi beberapa pasang basa jauh dari tempat pengikatan protein dan sequence-specific.
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
HapusUntuk pembahasan materi ini serta sesi tanya jawab, akan dibuka besok hari pada jam mata kuliah Biologi Molekuler jam 08.00. Mohon kerjasama dari teman-teman dari yang akan menyampaikan pendapat kritik dan saran, memberi pertanyaan maupun membantu kelompok dalam penyelesaian tugas ini🙏 dari kelompok 7
HapusDewanti Gobel (18507038)
Syane Katiandagho (18507021)
Absen Biomolekuler, 26 Maret 2020
BalasHapusNama : Villa Mokodongan
Nim :18507003
Prodi/Kelas: Pendi. biologi/A
Semester: 4
Nama : Yestika Lolowang
HapusNim : 18507016
Prodi/Kls :Pend.Biologi Kls A
Semester : 4
Nama : Marliani Tentero
HapusNIM : 18 507 020
Prodi/Kelas : Pendidikan Biologi / A
Semester : 4
Absen Biomolekuler, 26 Maret 2020
HapusNama: Sella Agansi
Nim: 18 507 002
Prodi/Kelas: Pendidikan Biologi/A
Semester: 4
Absen Biologi Molekuler, 26 Maret 2020.
HapusNama : Dewanti P. K. Gobel
Nim : 18507038
Prodi/kelas : Pendidikan Biologi/ A
Semester 4
Nama : Fidela Tandek
HapusNIM : 18 507 014
Prodi/Kelas : Pendidikan Biologi/A
Semester 4
Kamis, 26 Maret 2020
Nama : Jelika kampong
HapusNim : 18507024
Kelas : pendidikan biologi A
Kamis, 26 Maret 2020
HapusNama : Suiling Pontoh
NIM : 18507014
Prodi : Pend. Biologi A
Semester 4
Absen Biomolekuler
Hapus26 maret 200
Nama: Wanda Maria Sasue
NIM: 18507018
PRODI/kelas:
Pendidikan Biologi /A semester 4
Kamis, 26 Maret 2020
HapusNama : Juliana Heldy Poli
NIM : 185070001
Prodi : Pend. Biologi A
Semester 4
Absen Biomolekuler
HapusKamis, 26 Maret 2020
Nama : Librina Palaapi
Nim : 18507004
Kelas : Pendidikan Biologi A
Semester : 4
Nama: Putri Nurmala Sianipar
HapusNim: 18507015
Kelas: Pendidikan biologi A
Semester: 4
Absen Biomolekuler, 26 Maret 2020
HapusNama : Natasya Kapughu
Nim :18507012
Prodi/Kelas: Pendi. biologi/A
Semester: 4
Nama : Nathasya Kumayas
HapusNim : 18507027
Pendidikan Biologi kelas A
Semester 4
Absen MK biomol kamis 26 maret 2020
HapusNama: Ezra Sherend Ondang
Nim:18507030
Nama : Mohammad Farhan Umar
HapusNim : 18507042
Absen MK biomol kamis 26 maret 2020
HapusNama: Anastasia Sasamu
Nim:18507034
Pend. Biologi semester 4
Absen MK biomol kamis 26 maret 2020
HapusNama: ni ketut riskayani
Nim:18507031
Pend. Biologi semester 4
Absen Bio Molekuler, Kamis 26 Maret 2020
HapusNama : Marjanoal Mandey
NIM : 18507008
Pendidikan Biologi A
Absen MK biomol kamis 26 maret 2020
HapusNama: Vivi Paparo
Nim:18507010
Pend. Biologi semester 4
Absen MK Biomol kamis 26 Maret 2020
HapusNama : Claudya Lucas
NIM : 18507037
Sem : 4
Pend. Biologi A
Absen MK Biomol. Kamis, 26 Maret 2020
HapusNama : Paramitha Penanta
NIM : 18507026
Pendidikan Biologi A Semester : 4
Absen MK Biomol. Kamis,26 Maret 2020
HapusNama : Putri Pangemanan
NIM : 18507029
Semester : 4
Pendidikan Biologi A
Nama : Syane Katiandagho
BalasHapusNim : 18507021
Prodi/kelas : Pendidikan biologi A
Semester : 4
Absen Biomolekuler
HapusKamis, 26 Maret 2020
Nama : Stephanie Claudy Manurung
Nim : 18507009
Kelas : Pendidikan Biologi A
Semester : 4
Nama : Villa Mokodongan
BalasHapusNim : 18507003
Pertanyaan :
Jelaskan mengapa DNA ligase tidak diperlukan dalam transkripsi RNA?
Baik kelompok akan menjawab pertanyaan dari villa mokodongan
HapusJawaban : Dalam proses transkripsi atau penyalinan informasi genetik dari RNA ke mRNA untuk ditranslasi menjadi protein, yang disalin hanyalah fragmen DNA tertentu yang membawa informasi sifat tertentu atau dikenal dengan istilah gen. Fragmen tersebut dapat terdiri dari beberapa ratus nukleotida yang adalah bagian dari DNA sebagai genom ( kumpulan gen-gen). Dalam proses transkripsi tidak berlangsung proses penyambungan fragmen DNA ataupun RNA. Tujuan transkripsi adalah menyalin informasi genetik dari DNA ke dalam bentuk mRNA untuk dibawah keluar dari inti sel, untuk diterjemahkan menjadi bentuk protein. Jadi RNA bersifat “bilingual” yaitu mengetahui bahasa DNA (transkripsi) dan dapat membahasakan informasi genetik dari DNA menjadi bentuk protein.
Saya Marliani Tentero akan menambahkan jawaban dari kelompok kepada sdri Villa Mokodongan.
HapusEnzim ligase merupakan enzim yang menghubungkan segmen-segmen okazaki, sehingga terbentuk salinan DNA baru. DNA ligase berperan sebagai lem yang menyambung DNA yang telah terpotong sehingga menjadi DNA yang fungsional
Peranannya.
Sedangkan, transkripsi merupakan proses pembentukan RNA dari DNA template yaitu rantai sense, dan rantai komplemennya disebut rantai antisense. Proses penerjemahan ini dilakukan pada rantai mRNA (rantai salinan DNA).
Pada proses ini tidak diperlukan enzim ligase karena sudah ada DNA template yg terbentuk sebelumnya pada proses replikasi DNA. Maka dari itu pada proses transkripsi tidak diperlukan adanya enzim ligase.
Terima kasih😊🙏
Terima Kasih untuk kelompok yang sudah menjawab pertanyaan saya, dan Marliani Tentero yang sudah menambahkan🙏🤗
HapusIa sama²😊
HapusNama : Librina Palaapi
BalasHapusNIM : 18507004
Pertanyaan :
Jelaskan mekanisme kerja RNA polymerase prokariot pada transkripsi !
Baiklah kelompok akan menjawab pertanyaan dari Librina Palaapi.
HapusJawaban :
Mekanisme Transkripsi pada prokariot
Pada prokariot, transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian promotor suatu gen. Pada awal penempelan, RNA polimerase masih belum terikat secara kuat dan struktur promer masih dalam keadaan tertutup. Selanjutnya, RNA polimerase akan terikat secara kuat dan ikatan hidrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka (membententuk striktur open promoten complex). Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain. Dalam proses penempelan promoter tersebut, subunit σ berperan dalam promoter suatu gen sehingga RNA polimerase dapat menempel.
Itulah jawaban kelompok. Jika ada yang ingin menambahkah dipersilahkah
Komentar ini telah dihapus oleh pengarang.
HapusNama : Yestika lolowang
BalasHapusNim : 18507016
pertanyaan : Coba klmpk jelaskan apa fungsi dari terminasi.
Baik kelompok akan menjawab pertanyaan dari yestika lolowang
HapusJawaban :
Fungsi terminasi adalah untuk menyambungkan kabel yang terputus.
Karena,Apabila stress tegangan tidak tertahankan dalam artian isolator gagal, maka akan menyebabkan terjadinya loncatan elektron ( partial discharge ) yang lama kelamaan akan membuat peralatan breakdown.
trimakasih🙏
HapusNama: Sella Agansi
BalasHapusNim: 18 507 002
Pertanyaan:
Pada kontrol operon dikenal ada dua macam sistem pengendalian ekspresi genetik yaitu pengendalian positif dan pengendalian negatif. Yang menjadi pertanyaan saya coba kelompok jelaskan kedua pengendalian tersebut dan berikan masing-masing contohnya.
Terima kasih
Baiklah kelompok akan menjawab pertanyaan dari Sella Agansi
HapusJawaban :
- Pengendalian positif pada suatu operon artinya operon tersebut dapat diaktifkan oleh produk ekpresi gen regulator. Produk gen regulator yaitu aktivator, yang berperan dalam pengendalian secara positif.
Pengaturan gen diartikan sebagai positif hanya ketika suatu molekul aktivator berinteraksi langsung dengan genom untuk mengubah transkripsi ke keadaan on. Contohnya Sel E. coli mengetahui konsentrasi glukosa.
- pengendalian negatif berarti operon tersebut dinonaktifkan oleh produk ekspresi gen regulator. Produk gen regulatorrepresor yang berperan dalam pengendalian negatif. Contoh : Pengendalian Negatif Operon Laktosa (Iac)
Pengendalian operon laktosa secara negatif dilakukan oleh protein represor yang dikode oleh gen lacl. Represor lacl adalah suatu protein tetramerik yang tersusun atas empat polipeptida yang identik. Represor ini menempel pada daerah operator (lacO) yang terletak di sebelah hilir dari prometer operator lac berukuran sekitar 28 pasangan basa. Penempelan represor semacam ini menyebabkan RNA polimerase tidak dapat melakukan transkripsi gen-gen struktural lacZ, lacY, dan lacA sehingga operon laktosa dikatakan mengalami represi. Proses penekanan atau represi semacam ini akan terjadi terus-menerus selama tidak ada laktosa di dalam sel.
Terima kasih kelompok atas jawabannya
HapusNama : Nathasya Kumayas
BalasHapusNim : 18507027
Pertanyaan :
Jelaskan perbedaan trankripsi pada prokariot dan eukariot !
Baiklah kelompok akan menjawab pertanyaan dari Nathasya Kumayas
HapusJawaban :
perbedaan antara transkripsi di Eukariota dan Prokariota :
1. Transkripsi dalam sel eukariotik jauh lebih rumit daripada di sel prokariotik.
2. Dalam transkripsi prokariot, satu jenis RNA polimerase yang terlibat, sedangkan sel eukariotik memiliki tiga jenis RNA polimerase.
3. transkripsi Eukariota membutuhkan paket tambahan protein yang disebut faktor transkripsi untuk mengikat RNA polimerase pada promotor, dan mereka bukan bagian dari RNA polimerase, sedangkan transkripsi prokariot membutuhkan faktor sigma untuk mengikat promotor.
4. promotor eukariotik memiliki lebih banyak variasi daripada promotor prokariota.
5. Penghentian transkripsi membutuhkan faktor Rho pada prokariota, sedangkan eukariota tidak perlu itu.
6. Dalam prokariota, dua jenis transkripsi dapat terjadi; yaitu faktor terminasi tergantung dan pemutusan intrinsik, sedangkan transkripsi eukariotik dikendalikan oleh sinyal yang berbeda, yang berbeda dengan enzim yang terlibat.
Itulah jawaban dari kelompok jika ada yang ingin menambahkan dipersilakan
Nama : Fidela Tandek
BalasHapusNIM : 18 507 014
Pertanyaan : Bagaimana ciri-ciri utama gen struktural pada prokariot?
Baik kelompok akan menjawab pertanyaan dari Fidela Tandek
HapusJawaban :
Ciri utama gen struktural apda prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG) sampai kodon terakhir sampai titik akhir translasi (kodon STOP yaitu (TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang berurutan.
Nama : Marliani Tentero
BalasHapusNIM : 18 507 020
Pada interasi protein DNA biasanya melibatkan faktor-faktor transkripsi yang mengikat elemen regulasi pada promotor gen.
Pentanyaan saya, apa saja faktor-faktor yang mempengaruhi transkripsi dalam mengikat elemen regulasi pada promotor gen?
Terima kasih
Baikalah kelompok akan menjawab pertanyaan dari Marliani Tentero.
HapusJawaban :
Menurut kelompok faktor yang mempengaruhi transkripsi pada promotor
Faktor s memegang peranan yang penting dalam pengenalan promoter. Kontribusi faktor s dalam pengenalan promoter adalah melalui penurunan afinitas enzim inti terhadap tempat-tempat nonspesifik pada molekul DNA hingga 104, disertai dengan peningkatan afinitas terhadap promoter.
Banyak organisme prokariot, termasuk E. coli, mempunyai beberapa faktor s. Semuanya terlibat dalam pengenalan kelompok-kelompok promoter tertentu. Faktor s dilepaskan dari RNA polimerase inti ketika sintesis RNA mencapai panjang 8 hingga 9 nukleotida. Enzim inti tersebut kemudian akan bergerak di sepanjang molekul DNA sambil menyintesis untai RNA. Sementara itu, faktor s dapat segera bergabung dengan RNA polimerase inti lainnya dan melakukan inisiasi transkripsi kembali.
Itulah jawaban dari kelompok jika ada kelompok lain yang ingin menambahkan jawaba dari kelompok kami dipersilakan
Baik kelompok akan menjawab pertanyaan dari marliani Tentero
HapusJawaban :
Berikut faktor-faktor yang mempengaruhi transkripsi dalam mengikat elemen regulasi pada promotor gen:
faktor transkripsi - protein yang berikatan dengan DNA dan mengatur ekspresi gen dengan mempromosikan atau menekan transkripsi
regulasi transkripsi - mengendalikan laju transkripsi gen misalnya dengan membantu atau menghambat ikatan RNA polimerase dengan DNA
peningkatan regulasi , aktivasi , atau promosi - meningkatkan laju transkripsi gen
downregulation , repression , atau suppression - mengurangi laju transkripsi gen
coactivator - protein yang bekerja dengan faktor transkripsi untuk meningkatkan laju transkripsi gen
corepressor - protein yang bekerja dengan faktor transkripsi untuk mengurangi laju transkripsi gen
elemen respons - urutan spesifik DNA yang terikat oleh faktor transkripsi
Baik, terima kasih atas jawaban dari kelompok😊
HapusUntuk sdri dewanti gobel, boleh dijelaskan 'Faktor S' itu apa yah??
Faktor S itu adalah Faktor sigma ( faktor σ ) ( faktor spesifisitas ) adalah protein yang diperlukan untuk inisiasi transkripsi pada bakteri . Ini adalah faktor inisiasi transkripsi bakteri yang memungkinkan pengikatan spesifik RNA polimerase (RNAP) ke promotor gen. Adalah homolog dengan faktor transkripsi archaeal B dan ke faktor eukariotik TFIIB . Faktor sigma spesifik yang digunakan untuk memulai transkripsi gen yang diberikan akan bervariasi, tergantung pada gen dan pada sinyal lingkungan yang diperlukan untuk memulai transkripsi gen tersebut. Pemilihan promotor oleh RNA polimerase tergantung pada faktor sigma yang berasosiasi dengannya. Mereka juga ditemukan dalam kloroplas tumbuhan sebagai bagian dari bakteri-seperti plastid-encode polimerase (PEP).
HapusBaik, terima kasih👍👍
HapusNama : Suiling Pontoh
BalasHapusNIM : 18507046
Pertanyaan :
Enzim apa saja yang berperan dalam Transkripsi? Jelaskan.
Baik kelompok akan menjawab pertanyaan dari suiling pontoh
HapusJawaban :
Enzim yang berperan dalam transkripsi RNA polimerase 1. Pada Prokaryotik: hanya memiliki satu RNA polimerase
sintesis mRNA, r RNA, dan tRNA
transkripsi dan translasi berpasangan
2. Pada Eukaryotik: memiliki tiga RNA polimerase
a. RNA polimerase I: sintesis rRNA
b. RNA polimerase II: sintesis mRNA
c. RNA polimerase III: sintesis tRNA dan 5S rRNA
Baiklah kelompok akan menjawab pertanyaan dari Suiling Pontoh.
HapusJawaban :
Transkripsi terjadi dengan bantuan enzim RNA Polimerase. (RNA polymerase) adalah suatu enzim yang membantu mempercepat proses pembentukan RNA. Enzim ini berbeda dengan enzim DNA polimerase, RNA polimerase dapat memulai pembentukan rantai RNA tanpa menggunakan primer.
Itulah jawaban dari kelompok jika ada kelompok lain yang ingin menambahkan dipersilakan.
HapusStephanie Claudy manurung (18507009)
BalasHapusMengapa struktur DNA double helix antipararel?coba kelompok jelaskan secara singkat saja
Baiklah kelompok akan menjawab pertanyaan dari Claudy Manurung
HapusBasa nitrogen penyusun DNA terdiri dari basa purin, yaitu adenin (A) dan guanin (G), serta basa pirimidin yaitu sitosin (C) dan timin (T). Ikatan antara gula pentosa dan basa nitrogen disebut nukleosida. Ada 4 macam basa nukleosida yaitu :
Ikatan A-gula disebut adenosin deoksiribonukleosida (deoksiadenosin)Ikatan G-gula disebut guanosin deoksiribonukleosida (deoksiguanosin)Ikatan C-gula disebut sitidin deoksiribonukleosida (deoksisitidin)Ikatan T-gula disebut timidin deoksiribonukleosida (deoksitimidin)
Ikatan basa-gula-fosfat disebut sebagai deoksiribonukleotida atau sering disebut nukleotida. Ada 4 macam deoksiribonukleotida, yaitu adenosin deoksiribonukleotida, timidin deoksiribonukleotida, sitidin deoksiribonukleotida, dan timidin deoksiribonukleotida. Nukleotida-nukleotida itu membentuk rangkaian yang disebut polinukleotida. DNA terbentuk dari dua utas polinukleotida yang saling berpilin dan arahnya berlawanan.
Basa-basa nitrogen pada utas yang satu memiliki pasangan yang tetap dengan basa-basa nitrogen pada utas yang lain. Adenin berpasangan dengan timin dan guanin berpasangan dengan sitosin. Pasangan basa nitrogen A dan T dihubungkan oleh dua atom hidrogen (A=T). Adapun pasangan basa nitrogen C dan G dihubungkan oleh tiga atom hidrogen (C≡G). Dengan demikian, kedua polinukleotida pada satu DNA saling komplemen.Pada tahun 1947, sebelum ditemukannya struktur molekul DNA, seorang ahli biokimia bernama Erwin Chargaff menganalisis komposisi basa DNA sejumlah organisme yang berbeda. Hasil analisisnya adalah tiap spesies organisme memiliki komposisi DNA yang berbeda-beda. Banyaknya keempat basa nitrogen pada tiap spesies tidak sama, tetapi memiliki perbandingan yang khas. Artinya, tiap spesies memiliki jumlah basa yang khas.
Dalam DNA setiap spesies yang ditelitinya, Chargaff mengemukakan bahwa jumlah adenin sama dengan jumlah timin dan jumlah sitosin sama dengan jumlah guanin. Selain itu, urutan basa dan panjang DNA pada tiap spesies berbeda. Dengan 4 macam basa dan DNA yang panjang, akan terbentuk berbagai kemungkinan urutan basa. Karena gen tersusun dari urutan basa tertentu, maka jumlah gen pada DNA juga sangat banyak kemungkinannya. Jadi, hanya dengan 4 macam basa akan terbentuk banyak gen yang menentukan sifat individu.
Saya Librina Palaapi akan menambahkan jawaban dri kelompok kpd Stephanie Manurung
HapusStruktur DNA bersifat antipararel memungkinkan masing-masing untai pada DNA dapat menjadi templete dalam proses replikasi DNA. Hal ini DNA parental dan DNA anakan hasil replikasi bersifat sama sehingga informasi genetik terkonservasi dari generasi ke generasi.
Arah polinukleotida DNA dapat berdasarkan pada ikatan fosfodiester antar nukleotida (diester : 2 ikatan antara gugus –OH yang bereaksi dengan gugus fosfat yang bersifat asam). Pada punggung gula fosfat DNA, gugus fosfat terhubung dengan atom carbon 3’ dari molekul gula deoksiribosa dan selanjutnya pada atom carbon 5’. Dua ujung dari rantai polinukleotida berbeda. Pada ujung yang satu yang tidak berikatan dengan nukleotida adalah ujung 5’ (gugus fosfat (-OPO3-) dimana bagian ujung ini sering disebut ujung 5’. Pada ujung yang lain yang juga tidak berikatan dengan nukleotida juga disebut ujung 3’ (mengandung gugus hidroksil -OH). Pada DNA arah replikasi adalah 5’ → 3’, dimana pada DNA doble helix tsb ujung 5’ akan berikatan dengan ujung 3’ pada untai berikutnya. Hal inilah yang menyebabkan DNA doble helix disebut bersifat antipararel.
Terima kasih saudri Librina yang telah menambahkan jawaban dari kelompom kami
HapusNama: Putri Nurmala Sianipar
BalasHapusNim: 18507015
Pertanyaan:
Jelaskan prinsip transkripsi pada prokariot
Baiklah kelompok akan menjawab pertanyaan dari Putri Nurmala Sianipar
HapusJawaban :
Prinsip pada Transkripsi
Selain mekanisme dasar yg hampir sama, pada eukariot dan prokariot keduanya memiliki prinsip sama pada proses transkripsinya:
1. Prekursor untuk sintesis RNA ada 4 macam: 5′-trifosfat ATP, GTP, CTP, dan UTP ( g ada thymine pada RNA).
2. Reaksi polimerisasi atau pemanjangan RNA sama ama replikasi DNA yaitu dengan arah 5′ -> 3′.
3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh urutan DNA template.
4. Untai DNA yang berperan sebagai cetakan hanya salah satu untai.
5. Hasil transkripsi berupa RNA untai tunggal.
Itulah jawaban dari kelompok. Jika ada kelompok lain yang ingin menambahkan dipersilakan
Nama : Vivi Paparo
BalasHapusNIM : 18507010
pertanyaan : jelaskan komponen yang dibutuhkan dalam proses transkripsi
Nama : Ezra Sherend ondang
BalasHapusNIM : 18507030
PERTANYAAN: transkripsi pada prokariot berlangsung dalam tiga tahap, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Dan pada Tahap inisiasi kelompok menjelaskan
sintesis RNA dapat berlangsung tanpa adanya molekul primer.Mengapa bisa demikian?
Baik kelompok akan menjawab pertanyaan dari Ezra Ondang
HapusJawaban :
Berbeda dengan sintesis DNA, sintesis RNA dapat berlangsung tanpa adanya molekul primer. Oleh karena hampir semua tapak inisiasi transkripsi berupa basa G atau A, maka nukleosida trifosfat pertama yang digunakan untuk sintesis RNA adalah GTP atau ATP.
Mula-mula RNA polimerase akan menggabungkan dua nukleotida pertama dan membentuk ikatan fosfodiester di antara kedua nukleotida tersebut. Selanjutnya, sembilan basa pertama ditambahkan tanpa disertai pergeseran RNA polimerase di sepanjang molekul DNA. Pada akhir penambahan masing-masing basa ini akan terdapat peluang yang nyata terjadinya aborsi untai RNA yang baru terbentuk itu. Proses inisiasi abortif mempengaruhi laju transkripsi secara keseluruhan karena proses tersebut memegang peranan utama dalam menentukan waktu yang dibutuhkan oleh RNA polimerase untuk meninggalkan promoter dan memungkinkan RNA polimerase lainnya menginisiasi putaran transkripsi berikutnya. Waktu minimum untuk pengosongan promoter ini adalah 1 hingga 2 detik, suatu waktu yang relatif lama bila dibandingkan dengan waktu untuk tahap-tahap transkripsi lainnya.
Nama : Paramitha Penanta
BalasHapusNIM : 18507026
Pertanyaan : Transkripsi pada prokariot berlangsung dalam tiga tahap yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Jelaskan perbedaan dari ketiga tahapan tersebut?
Baik kelompok akan menjawab pertanyaan dari paramitha penanta
HapusJawaban : berikut perbedaan dari ketiga tahapan pada transkripsi prokariot
1. Inisiasi
Inisiasi diawali dengan menempelnya ribosom subunit kecil pada mRNA. Pada ribosom terdapat 3 ruang yaitu E, P, dan A. Ribosom subunit kecil akan menempel pada mRNA dengan bagian P tepat pada kodon start (AUG) dari mRNA. Kemudian datang tRNA yang memiliki antikodon UAC yang akan berpasangan dengan kodon AUG pada mRNA. tRNA ini membawa serta aam amino metionin yang merupakan asam amino pertama untuk translasi.
2. Elongasi
Elongasi terminasi merupakan proses penambahan asam amino baru terhadap rantai asam amino yang telah sebelumnya terbentuk. Ini diawali dengan datangnya tRNA yang memiliki antikodon yang bersesuaian dengan kodon dalam ruang A ribosom. tRNA tersebut juga datang dengan membawa asam amino tertentu yang sesuai dengan kodon pada mRNA.
3. Terminasi
Terminasi atau akhir dari translasi terjadi saat ruang A sampai pada kodon stop atau kodon akhir. Kodon ini tidak akan memanggil tRNA tertentu, tapi akan mengaktifkan faktor pelepas yang menyebabkan ditambahkannya molekul air pada rantai asam amino yang telah terbentuk. Penambahan molekul air ini menyebabkan rantai asam amino lepas dari ribosom dan siap dimodifikasi sehingga menjadi protein yang fungsional.
Baiklah kelompok akan menjawab pertanyaan dari Paramitha Penanta
HapusJawaban :
Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi, elongasi,dan terminasi.
Perbedaan dari ketiga tapah tersebut yaitu
- inisiasi adalah tahap (permulaan) dari proses transkripsi.
-elongasi adalah tahap (pemanjangan) dan membuka lapisan heliks ganda.
-terminasi adalah tahap (pengakhiran) rantai mRNA.
1. InisiasiDaerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi disebut sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana transkripsi dimulai, juga menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.
2. Elongasi Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks ganda DNA, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan DNA-nya.
3. TerminasiTranskripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA yang berfungsi sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi; yaitu, polimerase mencapai titik terminasi sambil melepas RNA dan DNA.
Itulah jawaban dari kelompok jika ada yang ingin menambahkan dipersilakan.
Hapus